雨中的神祕宅邸
正當小智、艾莉絲與天桐朝著雷文市旅行時，天氣異常悶熱，艾莉絲憑藉著野生的直覺預言即將下雨，果不其然隨即降下一場豪雨。眾人為了避雨，急忙進入森林深處的一座大宅邸。然而，這座宅邸內靜悄悄的，似乎空無一人。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵其實早已躲在屋內，打算將此地作為祕密基地，並利用住在屋內的燭光靈，配合小次郎的哭哭面具，想聯手將小智一行人趕走並奪取皮卡丘。
燭光靈的詭計與生命能量的流失
在宅邸內，小智一行人經歷了一連串超自然現象，包括家具自動移動和餐桌的神祕變換。他們遇到了一隻燭光靈，小智查看圖鑑時，圖鑑的說明卻神祕地中斷了。與此同時，火箭隊三人組發現自己變得異常憔悴。透過與塞格博士的通訊，他們得知了一個駭人的真相：燭光靈與燈火幽靈會假裝引路，實際上卻是透過吸取人類和寶可夢的「生命能量」來燃燒頭上的火焰，並企圖將受害者拖入靈界。燭光靈為了不讓祕密洩露，甚至干擾了小智圖鑑的運作。
靈界大門的開啟與強制合作
事態變得越來越緊急，牙牙與皮卡丘接連失蹤。小智和艾莉絲在尋找過程中發現火箭隊也陷入了危機。此時，多隻燭光靈與其進化形燈火幽靈現身，牠們在宅邸中央開啟了通往靈界的巨大漩渦。面對共同的生存威脅，原本敵對的小智一行人與火箭隊決定暫時停戰，聯手發起反擊。天桐派出石居蟹，小智派出水水獺，連同火箭隊的滾滾蝙蝠與哭哭面具，雙方展開了激烈的團體戰。
危機化解與宅邸的真面目
在眾多寶可夢的協力攻擊下，最後由皮卡丘使出強力的「電球」給予關鍵一擊，終於將燈火幽靈與燭光靈軍團擊退回靈界，靈界大門也隨之關閉。隨著燭光靈的離去，原本華麗的宅邸幻影瞬間消失，顯現出原本破舊不堪、長滿雜草的廢墟模樣。危機解除後，火箭隊恢復了精神並迅速撤離，宣言下次見面定會奪走皮卡丘。雨過天晴後，小智一行人帶著驚險的記憶，重新踏上前往雷文市的旅程。