抵達藍湖與遇見大樹
小智、小霞與小剛在前往赤岩島參加漩渦杯的途中，原本計畫前往綱那鎮，卻因為小智提議搭乘纜車而意外來到了位於山上的藍湖。在那裡，他們遇到了一隻名為「布萊特」的燈籠魚及其訓練家大樹。大樹向大家介紹，雖然燈籠魚是深海寶可夢，但藍湖在遠古時期曾是海底，因地殼變動而成為湖泊。直到今日，燈籠魚仍保有回到藍湖產卵的習性，而當小燈籠魚成長到一定階段，就會集結成群，從山上游回大海，這便是當地著名的「燈籠魚遊行」。
壯觀的遊行與火箭隊的攪局
今年大樹與他的父親大造被選為引導遊行的領隊，小智一行人受邀一同協助。當夜晚降臨，無數發光的燈籠魚緩緩前進，場面極其壯觀。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身企圖劫走所有的燈籠魚，他們設下陷阱企圖破壞吊橋。所幸大造及時指揮燈籠魚群撤退，在小智與大樹的聯手反擊下，火箭隊被暫時擊退。然而由於吊橋受損，隊伍被迫分成兩路，小智與大樹帶著布萊特及一部分燈籠魚走山路，大造則與小霞、小剛走另一條路，相約在海邊會合。
跨越困境與同伴的指引
在山路行進途中，燈籠魚群因脫離水域過久而體力不支，小智派出小鋸鱷使用水槍為牠們補充水分，讓隊伍恢復活力。不久後，山間升起濃霧，大樹不慎失足摔落山谷，布萊特為了救主人也跟著跳下。在視線不明的森林中，小智感到焦急，但布萊特與其他燈籠魚展現了天生的感應能力，透過觸手的閃光通訊，燈籠魚群引導著小智順利找到了受困的大樹，展現了夥伴之間強大的羈絆。
回歸大海與離別的約定
當兩支隊伍終於在海邊會合時，火箭隊發動了第二次突襲，利用煙幕企圖擄走燈籠魚。在危急時刻，大樹指揮布萊特與全體燈籠魚同時發動強力電磁波，干擾了火箭隊的機器，小智也派出月桂葉助陣。最後，在皮卡丘的十萬伏特攻擊下，火箭隊再次化作流星。天亮後，燈籠魚群順利游入大海回歸故鄉。布萊特在入海前特別游回岸邊與大樹告別，兩人約定未來必會再見。小智一行人也告別了大樹父子，搭船前往下一個目的地——黃岩島。