巧遇傑尼龜消防隊與老友重逢
小智、小霞與小剛一行人來到了一座熱鬧的港口城市。街道上人頭攢動，大家都在期待一場特別的演出。令小智驚喜的是，演出的主角正是他曾經的夥伴、現任傑尼龜消防隊隊長的傑尼龜。為了給老朋友加油，小智也喚出了妙蛙種子與噴火龍，打算在表演結束後與傑尼龜敘舊。
火箭隊的操弄與同伴間的誤會
然而，這場表演背後其實是由火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）在擔任經紀人，他們隱瞞身分利用傑尼龜消防隊的高人氣來販售周邊商品謀利。當小智試圖前往酒店尋找傑尼龜時，遭到火箭隊偽裝的人員阻攔。在種種巧合與誤會下，傑尼龜認為妙蛙種子與噴火龍在嘲笑它現在過於注重名氣，三隻寶可夢竟然當眾大吵一架，氣氛陷入冰點，最後不歡而散。
倉庫街大火與昔日默契的覺醒
正當小智為夥伴們的關係感到擔心時，城市的倉庫街突然發生嚴重的真實火災。傑尼龜消防隊第一時間趕往現場，但火勢異常猛烈，讓消防隊一度陷入苦戰。小智見狀立刻帶領小霞的可達鴨、鐵臂槍蝦以及小剛的蚊香蛙皇加入滅火行列。在危機關頭，小智鼓勵傑尼龜拿出隊長的氣概，而妙蛙種子與噴火龍也放下之前的嫌隙，發揮以往的默契與傑尼龜通力合作。最終，在大家合力之下，不僅撲滅了火焰，還成功救出了受困的毛球。
重拾羈絆與嶄新的旅程
火災平息後，傑尼龜、妙蛙種子與噴火龍重歸於好，展現了深厚的友誼。君莎小姐也揭發了火箭隊擅自擔任經紀人並非法獲利的行徑。在眾人的歡送下，傑尼龜消防隊前往下一個需要幫助的城鎮繼續執行任務。而身為冠軍的小智在離開前也被路人粉絲認出並要求合照，最後一行人告別了傑尼龜，帶著溫暖的回憶繼續踏上成為寶可夢大師的旅程。