重逢布拉塔諾研究所與超級進化的研究
在密阿雷市取得第五枚徽章的小智一行人，在前往下一個道館前，再次拜訪了布拉塔諾研究所。布拉塔諾博士向大家展示了他新獲得的「鑰石」與「超級石」，並邀請大家一起參與研究，測試這顆超級石究竟對應哪一隻寶可夢。在研究過程中，同步器對研究所的烈咬陸鯊產生了強烈反應，確認這顆石頭正是「烈咬陸鯊進化石」，讓眾人對即將目睹的超級進化感到非常興奮。
火箭隊的襲擊與烈咬陸鯊的危機
正當研究準備開始時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵突然闖入研究所，利用特製機械強行奪走了烈咬陸鯊、鑰石以及超級石。火箭隊企圖利用誘導電波強制讓烈咬陸鯊超級進化，並將其納為己有，以此實現征服世界的野心。小智一行人與布拉塔諾博士利用希特隆發明的「必找追蹤裝置」展開追蹤。在追蹤過程中，博士憑藉著與烈咬陸鯊之間深厚的心靈感應，引導大家找到了火箭隊的藏身處。
超級火焰雞假面現身援助
找到火箭隊後，博士試圖說服烈咬陸鯊反抗誘導電波的控制。火箭隊見狀加強了電波功率，導致烈咬陸鯊陷入痛苦。此時，神祕的英雄「超級火焰雞假面」帶著超級火焰雞及時趕到，破壞了火箭隊的控制設備。為了防止烈咬陸鯊被火箭隊強迫進化並受其擺布，博士向超級火焰雞假面借用了鑰石，決定利用自己與烈咬陸鯊長久以來建立的「羈絆」，搶先引導正確的超級進化。
跨越科學的羈絆：超級烈咬陸鯊誕生
小次郎與布拉塔諾博士同時對烈咬陸鯊發出了超級進化的共鳴，但在激烈的心理拉鋸戰中，博士與烈咬陸鯊之間不可取代的深厚信任最終戰勝了科學機械的強制控制。烈咬陸鯊成功超級進化為「超級烈咬陸鯊」，並展現出驚人的力量。在博士的指揮下，超級烈咬陸鯊、皮卡丘與超級火焰雞共同施展強力攻擊，將火箭隊徹底擊飛，成功奪回了所有研究設備。
事件落幕與新的旅程
戰鬥結束後，烈咬陸鯊恢復了原狀，超級火焰雞假面也隨即消失在森林中。博士看著破損的實驗設備，感嘆雖然科學能解析數據，但寶可夢與訓練家之間那種超越科學的羈絆才是超級進化的真正關鍵。最後，小智一行人告別了博士與烈咬陸鯊，滿懷期待地朝著下一個目的地——香薰市出發。而布拉塔諾博士在修復實驗室時，也對一直以來協助他的亞能（超級火焰雞假面）的身分產生了會心的微笑。