溫泉鄉的奇遇與追逐傳說的少年
小智、小霞與小剛正帶著由基拉前往白銀山，同時也為了參加城都聯盟的白銀大會而持續旅行。在途中，他們意外闖入了一片棲息著許多野生寶可夢的溫泉地帶。在那裡，他們遇見了一位名叫直也的少年。直也利用精密感應器在這一帶布下天羅地網，目標是為了尋找並收服傳說中的寶可夢——炎帝。直也對炎帝有著極高的憧憬，並深信根據數據分析，炎帝近期一定會出現在這個區域。
由基拉的社交考驗與溫泉享受
內向的由基拉在面對熱情的小智寶可夢夥伴（如月桂葉、小鋸鱷、火球鼠等）時，因為感到壓力而使出了「刺耳聲」，讓大家痛苦不已。為了讓由基拉放鬆，小剛提議讓身為岩石屬性的由基拉嘗試「沙浴」而非水浴。在小剛的大岩蛇與小拳石的陪伴下，由基拉終於放下了戒心，開始享受溫暖的沙浴，並漸漸與大家打成一片，展現出難得的笑容。
火箭隊的詭計與榛果球的進化
正當大家享受溫泉時，火箭隊偽裝成料理研究家，以「泡完澡後的果汁牛奶」為誘餌，將小智一行人連同寶可夢們關進了特製的密閉房間。小智靈機一動，利用火球鼠的「噴射火焰」與小鋸鱷的「水槍」產生熱漲冷縮，成功突破大門。隨後火箭隊啟動了「龍捲風發生機」，企圖強行吸走所有寶可夢。在混亂中，小剛為了救回被捲入風暴的榛果球，拼命衝上前去。榛果球感應到小剛的心意，在光芒中進化成了佛烈托斯，並以強大的力量粉碎了機械，解救了大家。
傳說現身！炎帝與夢妖的戰鬥
就在龍捲風機器失控之際，一股強大的火焰瞬間將機器化為烏有。傳說中的寶可夢——炎帝正式現身。直也見狀立刻派出他的王牌夢妖，並使用了收服神獸的必殺技「黑色目光」，讓炎帝無法逃離現場。然而，炎帝展現了壓倒性的力量，完全無視夢妖的「高速星星」與「幻象光線」，最後更以一記「吼叫」直接強行解除「黑色目光」的效果，並消失在山林之中。雖然收服失敗，但直也並未灰心，反而更加堅定了他追尋炎帝的目標。而由基拉經過這次事件，也與小智一行人的默契更進一步，旅程依然持續著。