回到大木研究所與勁敵真司重逢
為了準備即將到來的「八大師淘汰賽」，小智與小豪回到了真新鎮的大木研究所。在研究所後院，小智與久違的寶可夢夥伴們重逢，包含烈焰猴、噴火龍、月桂葉等多位戰友。令小智驚訝的是，他在神奧地區的宿敵真司也出現在研究所。真司表示自己是為了向大木博士學習寶可夢的相關知識而來，並非為了參加世界錦標賽。小智隨即向真司提出對戰請求，希望能藉此提升實力。
三對三的針對性特訓對戰
真司接受了挑戰，但開出了特別條件：對戰採三對三且不允許替換寶可夢，且小智只能使用預計在八大師淘汰賽中上場的成員。對戰正式展開，第一局真司派出暴鯉龍對陣小智的路卡利歐。面對暴鯉龍強大的破壞光線與冰凍牙，路卡利歐在陷入絕境時覺醒了鋼屬性能量，成功使出新招式「子彈拳」逆轉獲勝。第二局則是真司的烈咬陸鯊對陣小智的快龍，小智嘗試將「流星群」與自身衝鋒結合，開發出新戰術「快龍星群」，但最終仍不敵烈咬陸鯊強悍的龍爪，由真司取下一勝。
耿鬼的火屬性傳承與覺醒
在第三局開始前，小智的耿鬼在烈焰猴與噴火龍等火屬性前輩的指導下，秘密進行了特訓。第三局戰鬥由耿鬼對陣真司的巨金怪。面對巨金怪的高速移動與精神強念，耿鬼一度陷入苦戰。然而，耿鬼想起了火屬性夥伴們的熱血指導，成功在對戰中展現了招式覺醒，使出威力強大的「鬼火」讓巨金怪陷入燒傷狀態，削弱了對方的攻擊力。最終，耿鬼以暗影球擊敗了巨金怪，讓小智贏得了這場特訓賽的勝利。
真司的深意與通往決賽的決心
對戰結束後，小豪與大木博士發現，真司在這場對戰中所使用的暴鯉龍、烈咬陸鯊與巨金怪，分別對應了八大師中阿渡、竹蘭與大吾的王牌寶可夢。這說明真司是特地為了幫助小智應對未來的強敵，才特意安排了這場極具針對性的特訓。隨後大木博士透露，真司已經收到了擔任道館館主的邀請，為了更深入了解寶可夢才來到此處。感受到真司的心意與昔日夥伴們的聲援，小智的鬥志更加昂揚。最後，小智的媽媽花子也來到現場為大家加油，眾人一同享用晚餐，為即將開戰的八大師淘汰賽做好了萬全的準備。