前進卡那茲米市，森林中的盜獵者威脅
小智、小遙、小剛與小勝一行人正朝著擁有豐緣地區第一間道館的卡那茲米市前進。在旅途中，眾人來到一間由喬伊小姐管理的寶可夢中心，並在那裡遇到了君莎小姐。君莎小姐警告大家，最近這一帶出現了殘酷的寶可夢獵人「亮」，他專門利用捕捉網非法獵捕毒屬性的寶可夢。小智一行人在路途中發現了盜獵者留下的網子碎片，決定協助君莎小姐追查這名獵人的下落。
火箭隊的掙扎，意外的相遇與決心
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵在森林中偶然發現了一個巨大的鐵籠，裡面關滿了傷痕累累的阿柏蛇與瓦斯彈。看到這些同類的慘狀，武藏的阿柏怪與小次郎的雙彈瓦斯感到憤怒且悲傷。儘管身為反派，火箭隊三人組卻對盜獵者虐待寶可夢的行為感到不齒，決定破壞鐵籠救出這些寶可夢。他們甚至豪氣地宣稱要收留這支大軍，建立屬於自己的軍團。
強敵進化，班基拉斯的壓倒性力量
正當火箭隊準備帶走阿柏蛇與瓦斯彈時，獵人亮帶著他的大嘴雀出現了。雙方展開激烈戰鬥，起初火箭隊還能勉強應對，但隨後亮派出了沙基拉斯。在戰鬥過程中，沙基拉斯竟然當場進化成了實力恐怖的班基拉斯。面對班基拉斯威力驚人的「破壞光線」，火箭隊完全不是對手，就連果然翁的「表面塗層」也因速度與威力落差太大而無法發揮作用，眾人陷入絕境。
感淚的離別，武藏與小次郎的守護
眼看強大的班基拉斯步步進逼，武藏與小次郎做出了一個心碎的決定。他們命令阿柏怪與雙彈瓦斯帶著年幼的阿柏蛇與瓦斯彈逃往森林深處。阿柏怪與雙彈瓦斯不忍離開朝夕相處的朋友，但在武藏與小次郎的嚴厲斥責與真誠囑託下，兩隻寶可夢含淚轉身離去。為了爭取足夠的逃跑時間，武藏、小次郎與喵喵竟然赤手空拳撲向班基拉斯，用身體擋住攻擊，即使被打得遍體鱗傷也不肯退讓。
正義的逮捕，新的夥伴與旅程
隨後，小智與君莎小姐循著聲響趕到現場，及時阻止了獵人亮。小智指揮皮卡丘擊潰了大嘴雀，君莎小姐則利用卡蒂狗成功奪取亮的精靈球並將其逮捕。當獵人亮抱怨寶可夢被一群「莫名其妙的人」放走時，小智一行人才意識到有人搶先救了寶可夢。戰鬥結束後，阿柏怪與雙彈瓦斯的身影已消失在森林遠方。雖然失去了老搭檔，但小次郎意外獲得了先前救助過的刺球仙人掌的認可，這隻可愛的新夥伴決定跟隨他們。火箭隊雖然滿身傷痕，卻在夕陽下為夥伴的自由感到欣慰，繼續踏上他們的旅程。