拉麵店的意外重逢
小智、小光與小剛三人正朝著下一個道館所在地「切鋒市」前進，途中再次遭遇火箭隊的襲擊，並一如往常地以皮卡丘的十萬伏特將他們擊飛。飢寒交迫的武藏、小次郎與喵喵在流浪途中被一陣濃郁的拉麵香氣吸引，進入了一家名為「拉麵 武藏與小次郎」的店。驚訝的是，店長優作竟然是當年火箭隊訓練學校的後輩。優作感念當年武藏與小次郎在他失意時的鼓勵，以及那碗令他難忘的拉麵恩情，在離開火箭隊後回到神奧地區創業，如今已是擁有11家連鎖店的成功人士。
火箭隊的分崩離析
在店內幫忙時，喵喵意外展現了極高天賦的「刀削麵」技巧，優作認定喵喵是百中選一的人才，力邀牠擔任拉麵店的總主廚。隨後，火箭隊再次嘗試捕捉皮卡丘，卻因為資金不足導致機器故障，再次慘敗。這場失敗成了導火線，對長年失敗感到疲累的喵喵，決定退出火箭隊追求拉麵職人之夢；武藏也隨後宣布要以「糖果武藏莉娜」的身分專心朝向頂級協調訓練家邁進。孤身一人留在火箭隊的小次郎，為了證明自己並挽回同伴，決定前往岩山捕捉極其兇暴、具有超級電腦般智力的珍貴「異色巨金怪」獻給坂木老大。
重拾夥伴的羈絆
小次郎在岩山獨自與強大的異色巨金怪搏鬥，陷入了危及生命的絕境。此時，武藏從路人口中得知Ｒ標誌的人（小次郎）正身陷險境，毅然放棄了華麗大賽的練習趕往救援；喵喵也雖然身處成功的頂峰，但在最關鍵的時刻意識到與同伴共同奮鬥的歲月才是最珍貴的，於是放棄了優渥的職位，駕駛氣球及時救出兩人。在巨金怪的猛烈攻擊下，三人組重拾彼此的默契與團結，武藏與喵喵表示從未真正想要解散。雖然最後他們仍被巨金怪的「陀螺球」擊飛到天際，但能與夥伴再次聚在一起，讓他們在飛走時感到了無比的幸福。而山腳下的小智一行人看著飛過的星光，也繼續踏上他們的旅程。