火箭隊的內鬨與分道揚鑣
故事開頭，火箭隊的三人組——武藏、小次郎與喵喵，在一次搶奪皮卡丘的行動中再次失敗。撤退後，三人開始互相推卸責任，武藏指責小次郎優柔寡斷，小次郎嫌棄武藏任性，兩人更一起數落喵喵只是個沒用的會說話的寶可夢。在激烈的爭吵下，三人憤而宣布解散，各自走向不同的道路。小次郎帶著魔尼尼離開，武藏與喵喵也分頭尋找新的出路。
薩比市的偽裝大賽
與此同時，小智一行人正朝著最後的對戰設施「對戰金字塔」前進，途中經過了薩比市。在那裡，他們遇到了一場由薩比市主辦的「一日特別對戰賽」。其實，這場大賽是由火箭隊的精英成員亞瑪多與小三郎策劃的陰謀，目的是偽裝成喬伊小姐，藉由治療與清洗寶可夢球的名義，騙取參賽者們的寶可夢。熱血的小智不疑有他，派出龍蝦小兵參加比賽，並順利擊敗了對手的凱羅斯與嘎啦嘎啦。
混亂的搭檔重組
在陰謀進行的過程中，原本落單的小次郎與武藏分別遇見了亞瑪多與小三郎。亞瑪多看中小次郎，邀他加入自己的行列；而武藏則是霸道地對小三郎發號施令，試圖主導作戰。這使得火箭隊形成了奇怪的混亂搭檔：亞瑪多與小次郎、武藏與小三郎。反觀喵喵，獨自在城鎮中流浪，看著手中的餅乾，回想起過去三人雖然貧窮，卻總是能平分一塊餅乾、分享苦樂的日子，心中感到無比寂寞。
回憶的力量與小組重聚
小勝因發現了亞瑪多與小三郎的真面目而向小智等人求援，小剛也察覺到眼前的喬伊小姐並非真貨。當小智趕到後台奪回寶可夢球時，亞瑪多與小次郎、武藏與小三郎分別試圖擺出火箭隊的招牌姿勢，卻因為毫無默契、台詞對不上而顯得尷尬萬分。此時，喵喵出現並拿出了餅乾，提醒武藏與小次郎：只有他們三個人在一起，才是真正的火箭隊。這番話觸動了兩人的心，讓他們決定重歸於好，找回彼此的默契。
最終的混戰與溫馨的結局
雖然武藏、小次郎與喵喵重新聚首，但亞瑪多與小三郎仍試圖帶著搶來的寶可夢球逃走，卻沒想到掉進了武藏三人預先挖好的落單穴陷阱中。最終，小智指揮皮卡丘使用十萬伏特，將企圖坐收漁翁之利的武藏三人組再次打飛。雖然再次被打飛到空中，但武藏、小次郎與喵喵看著彼此，感受到三人一體才是最棒的狀態。雖然最後為了爭奪那一塊餅乾又開始吵架，但這對他們來說，才是最熟悉的「好感覺」。