前往以太樂園送便當
故事開頭，庫庫伊博士因為趕著去參加寶可夢對戰研究學會，不小心遺忘了芭內特博士與小卡比獸的便當。小智主動請纓，決定前往以太樂園幫忙送便當。此時，莉莉艾與管家詹姆斯搭乘噴射機抵達，表示露莎米奈代表為了將瑪納羅慶典期間發生的事件（奈克洛茲瑪事件）完整記錄在阿羅拉的歷史中，希望能請小智協助提供資訊。於是小智、皮卡丘與洛托姆圖鑑一同搭機前往以太樂園。
火箭隊的秘密潛入計畫
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵正偽裝成以太樂園的新進員工，在碧珂手下擔任寶可夢保護區的清潔工作。他們的真實目的是想趁機盜取保護區內的地幔岩、風妖精、黑眼鱷等大量寶可夢，並獻給坂木老大。就在他們清點寶可夢時，武藏慶幸那隻愛唱歌的胖丁不在這裡，卻沒想到一隻童偶熊突然出現，並且莫名地對武藏產生了好感，緊緊地抱住武藏的臉不放。無論武藏如何掙扎或試圖用精靈球收服，這隻童偶熊都執意黏著她。
失蹤的童偶熊與畢業
小智一行人抵達後，將便當順利交給芭內特博士，洛托姆圖鑑也傳輸了關於奈克洛茲瑪的數據。碧珂隨後向大家介紹了「畢業」的概念，即是將受保護後康復的寶可夢送回大自然。然而札奧博此時驚慌地跑來報告，一隻下週即將畢業的童偶熊不見了。碧珂回憶起這隻童偶熊是她過去在パトロール（巡邏）時，從倒下的樹木下救出的，並親手將牠撫養長大。眾人隨即展開搜救行動。
重逢的母子與穿著熊的亂入
火箭隊因為童偶熊一直纏著武藏，擔心被當成小偷而急於逃跑，卻不幸與小智及札奧博正面對上。武藏等人乾脆豁出去，換上正式制服念出華麗的台詞。小智為了奪回童偶熊，命令皮卡丘發動十萬伏特。就在雷擊即將命中之際，穿著熊突然以驚人的氣勢闖入戰場並擋下了攻擊。原來這隻童偶熊正是穿著熊失散已久的孩子，母子重逢的畫面讓在場的露莎米奈與芭內特感動不已。最後，穿著熊像往常一樣抱起火箭隊，並帶著自己的孩子童偶熊，一同飛奔離開了樂園。
小劇場與尾聲
在片尾的小劇場中，名為「小渚」的長毛伊布在海邊與巨翅飛魚玩耍，隨後又與膽小蟲進行了一場有趣的互動。最後，武藏在「寶可夢問題」中揭曉答案，對她產生好感的正是這集的主角童偶熊，雖然最後計畫失敗，但穿著熊母子似乎在森林裡過著開心的生活。