序幕與前往白之遺跡的旅程
在與N分別後，小智、艾莉絲與天桐一行人看見了遠方的龍螺旋之塔，意識到目的地「白之遺跡」已經近在咫尺。在前往遺跡的途中，他們先前往寶可夢中心讓寶可夢們恢復體力，隨後充滿鬥志地再度出發。然而，與此同時，電漿團的安潔與布拉德正因為沒能成功捕捉N而遭到領袖魁奇思的責難。阿克羅瑪博士則表示他的寶可夢控制系統尚未完全精確，仍需要更多有機素體進行實驗。
火箭隊的奇襲與阿克羅瑪的實驗
武藏與小次郎為了奪取電漿團的科學技術，設下誘餌將安潔與布拉德引開。喵喵則趁機潛入阿克羅瑪的實驗室，試圖說服這位天才科學家加入火箭隊。阿克羅瑪對會說人話的喵喵產生了極大的興趣，但他並非想加入火箭隊，而是想將喵喵作為控制系統的實驗對象。儘管喵喵試圖以強大的精神力抵抗，但在阿克羅瑪調整系統參數後，喵喵最終還是失去了自我意識，完全受控於阿克羅瑪。
炒炒豬的異常與小智的特訓
在旅途中，小智發現炒炒豬的狀態不佳，不僅食欲不振，甚至無法正常使出「噴射火焰」，噴出的火焰毫無威力。天桐觀察後認為炒炒豬的喉嚨似乎卡住了異物，於是提議透過劇烈震動來排除。小智帶著炒炒豬進行瘋狂的跳躍特訓，甚至出動了噴火龍，讓噴火龍帶著炒炒豬在高空旋轉，試圖利用離心力甩出異物。雖然炒炒豬累得筋疲力盡，但問題暫時還是沒有解決。
兩大組織的衝突與喵喵的覺醒
安潔與布拉德突破了火箭隊的陷阱趕回基地，發現喵喵已被控制。阿克羅瑪命令受控的喵喵攻擊武藏與小次郎。喵喵展現出前所未有的戰鬥力，以極速的「亂抓」壓制對手。武藏與小次郎不忍見到夥伴被操縱，利用特定的口號與聲音訓練喚醒喵喵的意識。隨後，火箭隊利用胖嘟嘟的「白霧」作掩護成功撤退。另一邊，N來到了一處曾被電漿團當作實驗場的廢墟，感受到了當地寶可夢曾遭受的痛苦，對電漿團玩弄生命的做法感到極度憤怒。
真相大白與最終決戰的開端
艾莉絲最終利用細長的樹枝工具，從炒炒豬的喉嚨深處取出了一顆種子，原來那是之前戰鬥中卡住的「種子機關槍」殘骸。恢復正常的炒炒豬興奮地對著小智噴出一道強力的火焰，慶祝身體康復。此時，魁奇思收到捷報，電漿團終於在白之遺跡發現了「光明石」的線索，這意味著傳說寶可夢雷希拉姆即將現身。隨著各方勢力往白之遺跡集結，一場關乎伊修地區命運的最終決戰即將爆發。