前往釜炎鎮與高空受困
小智、小遙、小勝與小剛為了挑戰下一個道館，搭乘纜車準備翻越煙突山前往釜炎鎮。在纜車上，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵偽裝成特別觀光導遊，企圖趁機捕捉皮卡丘。然而，山頂正發生激烈的衝突，導致纜車在半途中突然停止運作，眾人被迫受困於高空之中。
熔岩隊與海洋隊的衝突
在煙突山頂，索萊伊修博士剛發現了一塊極具能量的隕石。此時，由火影率領的熔岩隊現身奪取隕石，隨後泉美率領的海洋隊也為了阻止熔岩隊並搶奪隕石而加入戰局。兩大邪惡組織在山頂展開激烈的寶可夢對戰，使用了大狼犬、大嘴蝠、螯龍蝦與帝牙海獅等寶可夢進行交火。受困於纜車的小智在小剛等人的協助下，利用繩索驚險地攀爬至電塔並抵達地面，準備尋求救援，卻在山路遇見了正躲避追捕的索萊伊修博士。
破壞波爾凱諾系統
索萊伊修博士向小智解釋，熔岩隊打算利用這顆隕石作為起爆劑，啟動名為「波爾凱諾系統」的裝置來照射噴火口，企圖活化煙突山的岩漿以達成其野望。為了阻止可能引發的火山爆發，小智決定與博士聯手。博士負責引開熔岩隊員的注意力，小智則趁隙指揮皮卡丘對裝置發動「十萬伏特」。電擊導致系統負荷過重並引發異常升溫與爆炸，熔岩隊的計劃宣告瓦解。
隕石的損毀與新的旅程
火影在混亂中企圖回收隕石，但索萊伊修博士為了防止隕石再次被用於惡行，忍痛將珍貴的隕石推入裝置下方的岩漿中。隨著實驗失敗且隕石消失，熔岩隊與海洋隊均決定撤退。受困於纜車的眾人隨後獲救，火箭隊雖然企圖再次作惡，但很快就被打飛。危機解除後，索萊伊修博士鼓勵小智在接下來的道館戰中加油，一行人告別博士後，正式朝著山腳下的釜炎鎮邁進。