漩渦列島大賽開幕與大海之魂的祝福
在海中出現的古代競技場，三年一度的水屬性寶可夢盛典「漩渦列島大賽」正式開幕。海之神官瑪雅主持了開會宣言，並展示了被稱為「大海之魂」的巨大寶石。傳說中，受到大海之魂祝福的「海之勇者」能與所有水屬性寶可夢心靈相通。大賽最後的優勝者除了能獲得勇者稱號，還能得到提升水屬性招式威力的珍貴道具「神秘水滴」。火箭隊三人組偽裝成賣果汁的小販，在觀眾席伺機而動，計畫偷走大海之魂來償還債務並裝飾武藏。
小智的準備與大木博士的觀察
由於接下來的比賽需要兩隻寶可夢，而小智目前只有小鋸鱷。他趕緊打電話回大木研究所，決定將月桂葉暫時傳回研究所，換來老將巨鉗蟹。大木博士對於能觀察月桂葉感到興奮，卻在接收後立刻被過於熱情的月桂葉撞飛，展現了月桂葉對小智深厚的感情。
小智對戰釣魚人：小鋸鱷的奇招
A區第六場比賽由小智對戰選手釣男。對方派出了強力的龍屬性寶可夢刺龍王。刺龍王先後使用了龍卷風、煙幕與水炮，讓小鋸鱷一度陷入苦戰。然而，小鋸鱷展現了驚人的鬥志與獨特的節奏，在水炮發射時勇敢地衝上前反過來咬住刺龍王的嘴，導致水炮壓力在刺龍王體內膨脹。小智見準時機命令小鋸鱷鬆口，刺龍王隨即被自己噴射出的力量彈飛，小智成功晉級第二輪。
小霞的奮戰：太陽珊瑚與千針魚的對決
B區第九場比賽由小霞對戰針三。小霞派出心愛的太陽珊瑚，而對方則是派出千針魚。千針魚透過吸入大量水分使身體巨大化，發射強力的飛彈針，並利用水池環境巧妙躲避攻擊。太陽珊瑚雖然受到重創，但靠著「自我再生」恢復體力。在對方的衝撞攻擊中，千針魚意外地卡在了太陽珊瑚的角之間，小霞趁機發動「尖刺加農砲」近距離重擊，成功逆轉勝，與小智一同晉級。
命運的抽籤：好友間的激戰預告
首日賽程結束後，小智和小霞都沉浸在晉級的喜悅中。然而，當他們前往查看第二輪對戰表時，驚訝地發現經過隨機抽籤後，第二輪的首場對手竟然就是彼此。這對好友即將在明天的競技場上為了「神秘水滴」展開正面對決，一場互不相讓的水屬性激鬥即將展開。