抵達雲州島與突如其來的火災
小智、小霞與小建在橘子群島的旅行途中，抵達了雲州島。當一行人正準備尋找餐廳用餐時，城市中突然發生了嚴重的火災。面對熊熊烈火，小霞派出了海星星，小智則派出了傑尼龜嘗試滅火，但火勢過大，僅靠兩隻寶可夢的力量難以控制。就在危急時刻，一群受過專業訓練、行動精良的卡咪龜消防隊在隊長拉塞爾的帶領下趕到現場，以純熟的連係動作迅速撲滅了火災。
傑尼龜的競爭心與加入特訓
看到卡咪龜消防隊的表現，小智的傑尼龜感到有些受挫與不甘。小智向小建解釋，他的傑尼龜曾是惡名昭彰的「傑尼龜團」首領，後來才改邪歸正成為消防隊。為了挽回傑尼龜的自尊心，小智請求拉塞爾隊長讓傑尼龜與卡咪龜進行訓練比試。在跑步與水槍命中率的訓練中，傑尼龜展現了驚人的實力與鬥志，這讓拉塞爾隊長大為賞識，邀請傑尼龜當天暫時加入消防隊一同訓練。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵卻在此時設下陷阱，利用巨大的地洞與瓦斯煙霧，將皮卡丘、傑尼龜及卡咪龜們全部擄走。
火場危機與火箭隊的糾紛
就在小智等人急於營救寶可夢時，君莎小姐傳來緊急通知，市區一棟公寓發生火災，但原本負責的大規模火災處理隊「水箭龜隊」因車禍堵塞無法即時趕到。小霞決定帶著海星星，並借用小建的飛天螳螂與瑪力露先行趕往火場救援。另一邊，火箭隊成員正為了如何分配擄獲的寶可夢而內鬨，傑尼龜與卡咪龜領隊趁機利用水槍脫困並反擊。小智與拉塞爾隊長透過毛球的引導找到了火箭隊，皮卡丘隨後以十萬伏特將火箭隊擊飛，成功解救所有寶可夢。
生死關頭的共同救援
眾人隨即趕往公寓火災現場，發現仍有一名小孩被困在充滿濃煙的高樓層中。拉塞爾隊長原本想讓卡咪龜隊負責，但小智的傑尼龜展現出強烈的使命感。最終，傑尼龜與卡咪龜領隊跨越了彼此的競爭意識，攜手衝入火場。在濃煙與高溫中，兩隻寶可夢發揮了極佳的默契，卡咪龜負責開路與防護，傑尼龜則保護孩子。兩隻寶可夢成功帶著小孩從高處跳下，平安獲救，現場響起了熱烈的掌聲。
深厚的友誼與離別
經過這次共同作戰，傑尼龜與卡咪龜領隊從原本的競爭對手變成了互相尊敬的好友。小孩與家長向小智一行人表達了深切的感謝。在夕陽下，小智與夥伴們告別了拉塞爾隊長與英勇的卡咪龜消防隊，傑尼龜也與卡咪龜領隊交換了充滿敬意的眼神。帶著這段寶貴的消防隊經歷，小智一行人繼續踏上了前往下一個島嶼的旅程。