充滿期待的旅程與突發的失竊事件
小智、小霞與小剛三人正帶著從培育家達摩藏先生那裡獲得的寶可夢蛋，朝向下一座道館所在地「卡吉鎮」前進。小智對這顆蛋充滿期待，整天寸步不離地守護著它，就像一位期待孩子出生的父親。然而，這一幕被躲在暗處的火箭隊看在眼裡，武藏、小次郎與喵喵決定展開「寶可夢蛋強奪超級起重機作戰」，企圖偷走這顆可能孵出傳說寶可夢的蛋。
寶可夢中心的神祕失蹤案
當晚，小智一行人為了避雨來到寶可夢中心投宿。深夜時分，火箭隊潛入房間，雖然因小剛的睡夢囈語虛驚一場，但隨後蛋卻神祕失蹤了。隔日清晨，小智驚覺蛋不見了，隨即向君莎小姐報案。這位君莎小姐自稱為「名偵探」，並將這起案件命名為「寶可夢中心 消失在黑暗中的幻之蛋」。她隨即展開一連串令人啼笑皆非的推理，先是懷疑小剛因為嫉妒而監守自盜，接著又懷疑小智自己利用ベイリーフ（月桂葉）偷走蛋，甚至還亂猜犯人可能是水君或烏波。
科學搜查與足跡追蹤
為了更精確地找出兇手，君莎小姐派出了毽子棉使用「棉孢子」灑滿地面，讓犯人的足跡顯現出來。眾人跟著足跡一路追查到廚房，發現火箭隊原來在偷蛋後還順便洗劫了廚房。火箭隊見狀隨即逃往森林深處，小智一行人緊追其後。在追蹤過程中，他們遇到了一隻袋獸，驚訝地發現小智的寶可夢蛋竟然就在袋獸腹部的口袋裡。
母愛的力量與真相大白
原來，當晚火箭隊雖然偷走了蛋，卻在森林裡遇到了袋獸。充滿母愛的袋獸察覺到火箭隊是不懷好意的人，便從他們手中救走了這顆蛋。在確認小智是對蛋充滿愛心的原主人後，袋獸溫柔地將蛋歸還。此時，火箭隊再度現身發動攻擊，但在袋獸強大的「迷昏拳」、卡蒂狗的「噴射火焰」以及皮卡丘「十萬伏特」的聯手打擊下，火箭隊再次被打飛到天邊。最後，寶可夢蛋平安回到了小智的手中，眾人告別了喬伊小姐與君莎小姐，帶著滿心期待繼續前往卡吉鎮的旅程。