姆拉耶海岸的奇遇與藻海龍的出現
小智一行人離開古辛鎮後，來到了姆拉耶海岸。為了應對遙香道館館主查克洛的「岩石封鎖」，小智與呱呱泡蛙正緊鑼密鼓地進行特訓。莎莉娜為了讓大家轉換心情，提議使用在古辛水族館得到的釣竿來釣魚。在釣魚過程中，小智釣起了一隻受傷的藻海龍。雖然小智好心幫牠貼上OK繃，但藻海龍卻噴出毒液導致皮卡丘陷入「劇毒」狀態。幸好遇到了水中考古學家艾迪與琳賽夫婦，及時使用解毒劑救治了皮卡丘。
卡斯勒號與深海的寶可夢樂園
艾迪與琳賽向小智一行人介紹，他們正在調查因海流而沉沒在此處的豪華客輪「卡斯勒號」。在琳賽的帶領下，小智與莎莉娜搭乘潛水艇深入海底。他們發現這裡不僅有許多藻海龍，還有其進化形毒藻龍。令人驚訝的是，毒藻龍利用「溶解液」將多艘沉船焊接在一起，建造成一座巨大的海底城堡，成為了許多水屬性寶可夢共同生活的樂園。
火箭隊的陰謀與海底城堡的危機
一直暗中尾隨的火箭隊三人組也潛入海底，企圖奪取卡斯勒號金庫裡的財寶。他們不顧藻海龍的警告，強行引爆金庫。雖然火箭隊成功奪取金庫，但爆炸導致船體出現破洞，海水壓力讓整座海底城堡面臨崩塌的威脅。小智與寶可夢們在琳賽的指示下，分工合作展開救援行動。最後在毒藻龍與其他寶可夢的協助下，眾人成功利用廢鐵板與毒藻龍的溶解液封住破口，守住了寶可夢們的家園。
呱呱泡蛙的活躍與道館賽的靈感
在海流恢復、巨大漩渦再度產生之際，火箭隊被捲入漩渦中並丟失了財寶，隨後被炸飛。而藻海龍不慎被捲入強勁的海流中，呱呱泡蛙展現了驚人的跳躍力，在漩渦中精準地踩踏浮木，成功救回了藻海龍。看著呱呱泡蛙卓越的跳躍表現與爆發力，小智茅塞頓開，領悟到了對抗查克洛「岩石封鎖」的關鍵戰略。帶著這次冒險的收穫，一行人信心十足地前往遙香道館。