抵達松藻鎮與邂逅清美
小智、小霞與小剛一行人來到了山間的小鎮——松藻鎮。由於旅行用的藥品和道具已經耗盡，他們決定在鎮上補給並用餐。與此同時，一直跟蹤他們的火箭隊三人組中，喵喵因為中暑而體力不支。就在武藏和小次郎打算丟下喵喵不管時，一位名叫清美的少女出現並細心照顧喵喵，還利用自製的漢方藥治好了牠。喵喵被清美的溫柔所打動，對她產生了愛慕之情。
懦弱的派拉斯與進化的難題
清美與她的奶奶經營著名為「阿派漢方藥店」的店鋪。清美告訴小智一行人，她希望能讓自己的派拉斯進化成派拉斯特，以便利用其背上成熟的冬蟲夏草孢子製作出一種能治療所有寶可夢虛弱狀態的「萬能藥」。然而，這隻派拉斯個性極其膽小懦弱，完全沒有戰鬥的意志，甚至連皮卡丘輕微的電擊或傑尼龜微弱的水槍都無法承受，進化之路陷入僵局。
火恐龍的失控與小智的挫折
為了幫助派拉斯獲取經驗值，小智決定進行一場「假戰」。然而，剛進化不久的火恐龍（小智的火恐龍）卻不聽從小智的指揮，表現得異常狂暴且好戰。火恐龍對弱小的派拉斯發動了猛烈攻擊，嚇得派拉斯落荒而逃。清美的奶奶指出，這是因為小智作為訓練家的等級還不足以駕馭進化後的火恐龍。這場意外讓派拉斯大受打擊，躲進了森林深處。
火箭隊的「放水」作戰與喵喵的計畫
為了贏得清美的芳心，喵喵說服武藏和小次郎協助派拉斯進行特訓。火箭隊派出阿柏怪和雙彈瓦斯，故意在派拉斯面前表演「被打敗」的樣子，並不斷讚美派拉斯，讓牠逐漸找回自信，甚至變得有些過度自信。隨後，派拉斯回到小智面前再次挑戰。小智讓皮卡丘配合演戲，假裝被派拉斯輕輕一戳就倒地不起。
派拉斯特誕生與最終的結局
正當氣氛和諧之際，失控的火恐龍再次衝出並向派拉斯發起挑戰。面對強大的火恐龍，派拉斯在火箭隊的助威和自身的覺悟下，終於發揮潛能，在戰鬥中成功進化為派拉斯特。進化後的派拉斯特展現出驚人的實力，使用「蘑菇孢子」瞬間制伏了火恐龍。清美終於獲得了珍貴的藥材原料，而小智也反思了自己與火恐龍的關係。最後，喵喵原本想留在店裡當「招財貓」，卻發現清美的奶奶已經收服了一隻貓老大擔任此職，火箭隊只好在遺憾中繼續他們的旅程。