大木博士的聯絡與圖鑑升級
小智、小霞與小剛在旅行途中停留於寶可夢中心，收到了大木博士的留言。小智回撥電話後，大木博士提醒他要更積極地收服寶可夢，並為小智的寶可夢圖鑑進行了遠端版本升級，使其能顯示更多新發現的寶可夢資訊。通話結束後，眾人的焦點轉向小剛一直悉心照料的那枚神祕的寶可夢蛋，大家都在熱烈討論蛋裡究竟會孵出什麼樣的寶可夢。
火箭隊的掉包計畫與喵喵的悉心照顧
躲在一旁的火箭隊得知這枚蛋可能孵出稀有寶可夢後，決定展開奪取計畫。武藏與小次郎偽裝成賣蛋商人，趁亂用假蛋掉包，成功奪走了真蛋。出人意料的是，喵喵對這枚蛋投入了極大的感情，它不僅用自己的體溫孵蛋，還細心地為蛋擦拭、洗澡，甚至睡覺也形影不離，展現出強烈的責任感與愛心。
波克比的誕生與歸屬權爭議
小智一行人追蹤火箭隊留下的假蛋線索，終於找到了他們的藏身處並展開奪回作戰。在混戰中，寶可夢蛋不慎被拋向半空，幸好皮卡丘及時接住。就在此時，蛋裂開了，孵化出一隻可愛的寶可夢——波克比。由於大家都想擁有這隻可愛的寶可夢，小智（發現者）、小剛（孵化照顧者）、小霞（最喜愛它的人）以及喵喵（付出母愛照顧者）四人決定透過一場寶可夢錦標賽來決定波克比的歸屬。
歸屬權爭奪大賽
比賽採一對一淘汰制。第一場由小剛的大岩蛇對決喵喵，喵喵為了波克比展現出驚人的戰鬥力，利用潑水削弱大岩蛇並以亂抓獲勝。第二場由小智的妙蛙種子對決小霞的可達鴨，妙蛙種子以溫柔的摸頭與搔癢攻擊讓可達鴨失去戰志。最後的決賽由小智的皮卡丘對戰喵喵，皮卡丘憑藉強大的十萬伏特擊敗喵喵，讓小智獲得了最終的勝場。
認親的本能與最終的歸屬
就在小智以為可以收服波克比時，波克比卻完全不理會小智，反而開心地撲向小霞。根據升級後的寶可夢圖鑑說明，波克比具有將孵化後第一眼看到的對象視為親人的習性。因為波克比出生時第一眼看到的就是小霞，所以它認定小霞是自己的親人。最終，儘管小智贏了比賽，波克比還是選擇跟隨小霞，成為了旅行團隊中的新成員。