對戰金字塔的激烈對決
在對戰開拓區最後的設施——對戰金字塔中，小智與神代展開了最終的4對4對決。在首戰噴火龍落敗後，小智派出了妙蛙種子迎戰神代的彷徨夜靈。彷徨夜靈使出「黑色目光」封鎖了換人機會，並配合「鬼火」與「奇異之光」讓妙蛙種子陷入混亂與持續傷害的苦戰。然而，在小智的激勵下，妙蛙種子展現了不服輸的毅力，成功克服混亂，並在寄生種子的體力削弱輔助下，以強力的「陽光烈焰」擊敗彷徨夜靈，為小智追回一局。
傑尼龜與妙蛙種子的奮戰
接著，神代派出極致神速的鐵面忍者，而小智則派出傑尼龜應戰。鐵面忍者利用高速度與「潑沙」讓傑尼龜陷入視線模糊的困境，但小智冷靜指揮傑尼龜透過聽覺判斷位置，並巧妙地利用「水炮」清洗眼睛，最後以「火箭頭槌」成功擊落鐵面忍者。隨後神代派出太陽岩，它強大的「念力」與「陽光烈焰」擊敗了體力耗盡的傑尼龜。再度上場的妙蛙種子雖已傷痕累累，仍與太陽岩展開激烈的「陽光烈焰」正面對撞，最終兩者同時失去戰鬥能力，賽事進入雙方各剩一隻寶可夢的關鍵時刻。
皮卡丘與雷吉艾斯的最終巔峰
神代最後派出了從未在正式比賽露面的傳說寶可夢——雷吉艾斯。小智則派出長年以來最信任的夥伴皮卡丘。雷吉艾斯擁有極強的防禦力與低溫控制能力，不僅能將場地化為滑溜的冰面，更能在受傷後使用「睡覺」完全恢復體力與異常狀態。皮卡丘一度被雷吉艾斯的「冰凍光束」凍結在冰柱之中，但小智的聲音傳達到了皮卡丘心中，皮卡丘憑藉著極強的鬥志破冰而出，並利用「伏特攻擊」正面對抗雷吉艾斯的「冰凍光束」。在兩股強大能量的衝擊下，皮卡丘成功突進擊中雷吉艾斯，贏得了這場歷史性的勝利。
バトルフロンティア制霸與新的起點
賽後，神代高度讚賞小智與寶可夢之間展現出的少年特有的純粹羈絆，並親手交給小智象徵開拓區最高榮譽的「勇氣象徵」。亞希達隨後向小智發出邀請，希望他能留下來擔任對戰首領的一員，但小智表示自己仍希望前往更多未知的地區旅行並與各種寶可夢相遇，因此婉拒了邀請。大木博士、君莎小姐等人帶著妙蛙種子、傑尼龜回程，噴火龍也回到了噴火龍山谷。帶著大滿貫的榮譽，小智與皮卡丘再次朝著新的冒險目標邁進。