激戰的續篇與正確的判斷
接續上一集的劇情，小智在紅蓮道館與館主夏伯進行第七枚徽章的爭奪戰。面對從岩漿中現身的強大寶可夢鴨嘴火獸，皮卡丘陷入了前所未有的苦戰。眼看皮卡丘就要被逼入岩漿，小智為了守護夥伴的安全，果斷選擇認輸。夏伯對此表示讚賞，認為小智做出了身為寶可夢訓練家最正確的判斷，並邀請他們前往溫泉養傷，承諾未來再給予挑戰機會。
火箭隊的干預與火山危機
正當小智一行人在溫泉休息時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵為了捕捉強大的鴨嘴火獸，潛入道館並發射了大量的冷凍飛彈。然而，極低溫的飛彈與熾熱的岩石接觸後導致岩層劇烈收縮並碎裂，引發火山結構崩塌，大量岩漿開始失控流出。這不僅威脅到道館，更可能導致整個紅蓮島毀滅。
超越陣營的協力合作
為了阻止岩漿流出，夏伯派出鴨嘴火獸搬運巨石封堵缺口。原本傲慢且不聽命令的噴火龍，在目睹鴨嘴火獸強大的火焰實力後燃起了強烈的競爭心與鬥志，竟然主動加入搬運岩石的行列。隨後，小智、小剛與小霞也紛紛派出傑尼龜、大岩蛇、小拳石與海星星等寶可夢共同協作。在所有寶可夢的努力下，眾人終於在火山爆發前成功築起石牆堵住岩漿，化解了危機。
火山口上的宿命對決
由於原本的道館場地已毀，夏伯決定在火山口上方與小智進行一場特殊的一對一決戰。夏伯再次派出鴨嘴火獸，而小智則派出鬥志正盛的噴火龍。兩隻強大的火焰系寶可夢展開了激烈的近身肉搏與火焰對撞。鴨嘴火獸使出了強力的「大字爆炎」，但噴火龍以驚人的毅力扛住攻擊，並找準機會抓住鴨嘴火獸飛向高空，在空中盤旋加速。
贏得深紅徽章，目標常磐市
噴火龍在高空中施展了威力驚人的「地球上投」，將鴨嘴火獸重重摔向火山口的岩層，最終鴨嘴火獸失去戰鬥能力，小智獲得了勝利。夏伯心服口服地將代表熱情的「深紅徽章」頒發給小智。雖然賽後噴火龍依舊恢復了不聽話的態度，但小智已成功取得第七枚徽章。一行人決定啟程前往常磐市，準備挑戰最後一個道館，向寶可夢聯盟邁進。