沼躍魚的進化與意外的相遇
為了在對戰開拓區的第二個設施「對戰競技場」取得勝利，小智一行人在山中展開了激烈的特訓。在訓練過程中，小剛的水躍魚突然發出光芒，成功進化成了沼躍魚。進化後的沼躍魚為了測試新學會的招式「泥巴射擊」，卻不小心誤傷了路過的一隻綿綿。隨後，綿綿的訓練家桃子帶著大家前往莎紀惠婆婆經營的寶可夢漢方藥店，並在婆婆高超的製藥技術下，讓綿綿迅速恢復了健康。
寶可夢漢方藥的獨門製法
在藥店中，眾人結識了同樣在那裡修行的學徒龍太。莎紀惠婆婆向大家展示了漢方藥的特殊製作過程：除了需要鯉魚王的鱗片、多種樹果以及向日種子的晨露等天然素材外，最後還必須由電系寶可夢使用「打雷」進行電解提取。龍太雖然與桃子是青梅竹馬且非常努力，但因為缺乏自信，始終無法做出獲得婆婆認可的藥品。與此同時，小剛對桃子一見鍾情，甚至開始幻想兩人與寶可夢們共同生活的未來，卻遭到小勝與小遙的吐槽。
火箭隊的突襲與危機
火箭隊三人組聽聞這裡有神奇的藥水，企圖將其奪取並送往總部邀功。他們利用大型火箭裝置將整間藥店連同裡面的桃子與龍太一起強行載走。在混亂的爭奪中，沼躍魚為了反擊再次使出「泥巴射擊」，卻不幸誤擊了小智的皮卡丘與婆婆的咩利羊。更糟糕的是，藥店中的存藥在震動中全數摔破，尤其是針對電系寶可夢的恢復藥完全耗盡，皮卡丘與咩利羊陷入了虛弱狀態。
龍太與桃子的成長與反擊
面對缺乏關鍵素材「晨露」且婆婆不在身邊的困境，龍太在婆婆的鼓勵與桃子的協助下，鼓起勇氣嘗試製作新藥。龍太展現了身為未來藥師的自信，與電龍和綿綿同心協力，成功製作出了效果驚人的漢方藥。皮卡丘與咩利羊服藥後立刻恢復活力，四隻電系寶可夢聯手使出強力的雷擊，將火箭隊徹底擊飛。最終，莎紀惠婆婆決定將店面交給龍太與桃子共同打理，看著兩人完美的默契，小剛再度嚐到了失戀的滋味。最後，小智一行人告別了藥店眾人，繼續向著眼前的對戰競技場邁進。