前往未知的島嶼
在紅蓮道館的激戰後，小智憑藉著噴火龍的精彩表現，成功擊敗夏伯並獲得了第七枚徽章——深紅徽章。就在小智、小霞與小剛準備離開紅蓮島前往下一站時，意外在岸邊遇見一隻精疲力竭的卡咪龜。這隻卡咪龜向小智的傑尼龜緊急求救，傑尼龜隨即戴上昔日傑尼龜軍團的墨鏡展現領導力，指引眾人前往一座地圖上沒有標註的神祕島嶼。
陷入沉睡的寶可夢王國
抵達島嶼後，眾人發現這裡竟是傑尼龜與卡咪龜居住的聖地。然而，島上所有的寶可夢都陷入了不尋常的沉睡狀態，連體型巨大、作為首領的水箭龜也縮在甲殼中沉睡不起。小智嘗試靠近水箭龜時，聽到殼內傳出一種如地獄深處迴盪的神祕旋律，隨即與傑尼龜一同陷入夢鄉。所幸皮卡丘及時發動電擊，才讓小智與眾多卡咪龜驚醒。小剛推測，水箭龜體內的神祕聲音正是導致全島沉睡的元兇。
火箭隊的介入與危機
一直尾隨在後的火箭隊武藏、小次郎與喵喵也企圖奪取強大的水箭龜。喵喵率先潛入偵查，卻同樣敵不過神祕歌聲而呼呼大睡。隨後，火箭隊駕駛著巨大的「超級機械鯉魚王」現身，不僅無視傑尼龜們的攻擊，還打算將沉睡中的水箭龜強行擄走。面對強敵，傑尼龜為了守護家園而奮戰，卻陷入了苦戰。
覺醒的國王與胖丁的歌聲
為了拯救水箭龜，小智指揮皮卡丘與傑尼龜展開合作攻擊。傑尼龜的水槍增加了電擊的傳導效果，成功刺激並喚醒了水箭龜。覺醒後的水箭龜展現出強大的防禦力與水炮攻擊，重創了火箭隊的機械。在戰鬥過程中，眾人驚訝地發現，原來這一切的混亂是因為一隻胖丁卡在了水箭龜背上的加農炮管裡。傑尼龜冒險將胖丁救出，隨後水箭龜大發神威將火箭隊擊飛到遠方。重獲自由的胖丁為了表示謝意（或習慣），再次唱起了《胖丁之歌》，導致全島的人與寶可夢再度陷入沉睡，並被胖丁在臉上畫滿了塗鴉。在解決了島嶼的危機後，小智一行人告別了水箭龜與眾多夥伴，繼續朝著第八個道館邁進。