水水獺的跟隨與正式加入
小智與皮卡丘在前往三曜市的途中，與新夥伴艾莉絲持續展開鬥嘴式旅行。這時，在紅豆杉研究所曾救過小智的水水獺突然現身，並表現出強烈意願想跟隨小智。雖然艾莉絲一度想收服可愛的水水獺，但水水獺顯然對小智情有獨鍾。由於水水獺原屬於研究所，小智透過視訊通話取得紅豆杉博士的同意，並接收了專屬的精靈球，讓水水獺正式成為冒險夥伴。
黑眼鱷的騷擾與溫泉旅館的困境
在尋找走失的水水獺時，小智一行人意外掉進陷阱，並結識了少年阿丹。阿丹的家族經營著溫泉度假旅館，但近期卻因為一群由「墨鏡黑眼鱷」領頭的野生黑眼鱷四處挖掘地洞並騷擾客人，導致旅館被迫停業。為了查明原因，小智決定親自前往黑眼鱷出沒的砂浴場調查。
火箭隊的突襲與真相大白
正當小智在砂浴場調查時，改頭換面的火箭隊三人組突然現身，利用先進機械捕捉了皮卡丘、水水獺以及黑眼鱷的首領。在混戰中，地面突然產生劇烈晃動，原本被視為搗蛋鬼的黑眼鱷首領竟然主動協助皮卡丘脫困。眾人這才驚覺，黑眼鱷之所以不斷將人與精靈趕出砂浴場，是因為牠們敏銳察覺到地底熱能異常，即將發生大規模噴發。
危急時刻的黑眼鱷之橋
強烈的間欠泉終於噴發，滾燙的熱水將許多野生精靈困在岩石高處。眼見水位不斷升高，黑眼鱷首領指揮族群互相咬住尾巴，搭建起一座堅固的「黑眼鱷之橋」。小智不顧噴發的熱氣，親自上前穩住橋梁，協助受困的精靈一一撤離。在水水獺的支援下，所有精靈最終平安脫險，小智也與墨鏡黑眼鱷建立了深厚的信任。
溫泉重生的新氣象
災難過後，雖然原有的砂浴場消失了，但間欠泉的噴發卻意外形成了全新的優質溫泉。阿丹與父親決定轉型經營新溫泉，小智與艾莉絲也在泡澡中消除了旅途的疲勞。然而，那隻戴著墨鏡的黑眼鱷仍悄悄跟在後頭，似乎對小智產生了濃厚的興趣，預示著未來的重逢。