椪柑島的信件與水晶大岩蛇的傳說
小智、小霞與小建乘著拉普拉斯在橘子群島的海域航行時，意外撿到了一個瓶中信。信是由椪柑島一位名叫瑪莎的女孩所寫，她在信中誠摯地詢問是否有人知道關於「水晶大岩蛇」的消息。為了回應這封信，一行人來到了以玻璃工藝聞名的椪柑島。在島上，他們遇到了瑪莎以及她的哥哥阿功。
陷入瓶頸的玻璃職人
阿功是一位年輕的玻璃工藝家，但他正因為無法創作出滿意的作品而深陷苦惱。阿功提到他的祖父曾是偉大的職人，據說祖父在年輕時見過傳說中的水晶大岩蛇後，便獲得了無窮的靈感，創作出彷彿擁有生命的作品。阿功深信，只要能親眼見到水晶大岩蛇，他也能突破現狀。熱心的小智等人決定幫忙，小建先後派出毛球與瑪力露協助搜尋。最終，瑪力露憑藉敏銳的聽覺，在退潮時才會顯現的海中小島洞穴中，感知到了大岩蛇的氣息。
意想不到的戰鬥與靈感迸發
眾人進入洞穴後，果然見到了通體透明、閃耀著光芒的水晶大岩蛇。阿功首先派出刺甲貝戰鬥，卻驚奇地發現這隻特殊的大岩蛇完全不怕水屬性攻擊。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵現身企圖捕捉這隻罕見的寶可夢，但很快就被小智一行人擊退。隨後，阿功改派出火恐龍與水晶大岩蛇對戰，火焰的熱氣讓大岩蛇的水晶身體變得通紅並發出奇異的光芒。這幅神聖且壯麗的景象讓阿功深受感動，那一刻，他終於找到了夢寐以求的創作靈感。
新的藝術體悟與離別
阿功感受到與水晶大岩蛇之間的靈魂共鳴後，決定不再捕捉牠，而是讓牠繼續守護著這座島。回到工房後，阿功與火恐龍合作，憑藉著在洞穴中獲得的啟發，成功製作出栩栩如生的精緻玻璃細工。看著阿功重拾信心，小智一行人也安心地告別了瑪莎與阿功，帶著水晶大岩蛇的動人傳說，繼續他們的橘子群島之旅。