與毽子花及實的相遇
小智、小霞與小剛在前往圓朱市的旅途中，偶遇了少年實（Minoru）和他的夥伴寶可夢毽子花。實當時正為了鎮上即將舉辦的草系寶可夢大賽進行自主訓練。小智接受了實的挑戰，展開一場草系寶可夢之間的練習賽，雖然小智的菊草葉憑藉實力輕鬆取勝，但他對實與毽子花之間深厚的友誼印象深刻。隨後，小智一行人受邀前往實的家中，了解到實的家人如何利用草系寶可夢的專長來協助培育花園。受到大賽氣氛的感染，小智也決定帶著妙蛙種子報名參賽。
草系寶可夢大賽開幕與火箭隊的陰謀
大賽當天，鎮上熱鬧非凡，優勝者的獎品是珍貴的進化石「葉之石」。這項獎品引來了火箭隊的覬覦，武藏、小次郎與喵喵分別喬裝成參賽者混入其中。在比賽初期，小智的妙蛙種子展現出卓越的戰鬥經驗與技巧，毫無懸念地晉級；而初次參賽的實雖然一開始因緊張而陷入苦戰，但在毽子花的努力與家人的鼓勵下，也成功發揮出速度優勢闖過首輪。隨後，小智在第二輪遇上了武藏偽裝的神秘選手，對方派出的「向日花怪」使出了許多不尋常的招式。最終小智識破了那是由喵喵偽裝的騙局，妙蛙種子擊飛了企圖偷走葉之石的火箭隊，讓大賽得以順利進行。
決賽：經驗與意志的對決
大賽進入最高潮的決賽，由實與小智正面交鋒。小智的妙蛙種子憑藉強大的威力和豐富的實戰經驗佔據了壓倒性的優勢，而不斷成長的毽子花則以敏捷的速度拼命閃躲。小智眼見毽子花已傷痕累累，一度勸實放棄比賽以避免受傷，但實與毽子花展現出絕不輕言放棄的鬥志，誓言要與夥伴奮戰到最後一刻。這股強烈的羈絆與信念激發了毽子花的潛能，讓它在戰鬥中竟然當場學會了強力招式「陽光烈焰」。
大逆轉與運動精神
面對毽子花突然使出的「陽光烈焰」，妙蛙種子因反應不及而被打敗，實最終獲得了大逆轉的勝利，奪得冠軍與葉之石。小智雖然對於意外落敗感到驚訝，但他對實與毽子花在戰鬥中所展現的驚人成長與不屈鬥志感到由衷佩服。小智主動向實道賀，兩人互相勉勵。這次的經驗讓小智深刻體會到，只要與寶可夢心意相通並堅持到底，就有可能創造奇蹟。在與實一家告別後，小智一行人帶著新的體會，繼續朝著圓朱道館的目標前進。