小智一行人抵達綠嶺市，目標第七枚徽章
小智、小遙、小剛與小勝終於抵達了綠嶺市，準備挑戰第七個道館以獲得綠嶺徽章。當他們來到綠嶺道館時，卻發現道館空無一人。一名工作人員告訴他們，道館館主目前正在當地的宇宙中心，因為今天是有人太空梭「鳳王3號」發射的重要日子，所有人都在那裡忙碌。
宇宙中心的相遇與奇妙的訓練方式
來到宇宙中心後，小智一行人見識到了許多太空訓練器材。小智因為好奇私自嘗試了訓練機，卻差點弄傷自己。隨後，他們遇見了一對正在進行無重力對戰訓練的雙胞胎——小南與小楓。他們分別指揮著月石與太陽岩，利用多隻天秤偶製造出的念力場進行模擬宇宙環境的戰鬥。在交流中，小智驚訝地發現這對雙胞胎正是綠嶺道館的道館館主。小南（姊姊）與小楓（弟弟）向小智說明，綠嶺道館的戰鬥規則是特別的二對二雙打對戰。
火箭隊的陰謀：奪取太空梭
與此同時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵也潛入了宇宙中心，計劃奪取太空梭作為禮物送給老大，藉此晉升幹部。就在小勝與小楓私自進入太空梭內部參觀時，火箭隊發動了攻擊並強行啟動引擎準備升空。由於太空梭內還有孩子與龍蝦小兵，宇宙中心的所長陣（小楓與小南的父親）與研究員麗（母親）陷入焦慮。此時，多隻天秤偶共同施展念力，暫時拉住了太空梭避免其失控升空。
小楓與小勝的聯手反擊
在太空梭內部，小楓與小勝面對火箭隊的威脅展現了勇氣。在小智的龍蝦小兵協助下，小楓指揮太陽岩在狹窄的艙內使用強大的招式成功擊潰了火箭隊。雖然危機尚未完全解除，但在所長陣的無線電指示下，平時熱衷於模擬操作的小楓與小勝通力合作，成功操控太空梭平安著陸。降落後，憤怒的小南與小遙為了保護弟弟們，指揮月石與力壯雞，配合小智皮卡丘的電擊，聯手將火箭隊打飛到天際。
夢想的啟航與即將開始的道館戰
意外平息後，太空梭終於在眾人的注視下順利升空，前往宇宙探尋未知的寶可夢。看著父親追逐夢想的身影，小楓與小南也重拾身為館主的責任感。小智與這對默契十足的雙胞胎館主約定，即將在綠嶺道館展開一場激烈的雙打對戰，爭取他的第七枚徽章。