嘉年華會的奇遇
小智、小剛和小霞在旅途中來到了一個熱鬧的嘉年華會，卻在那裡遇見了一位陷入困境的魔術師瑪奇。瑪奇因為魔術表演技術不精，不僅遭到觀眾嘲笑，連他的助手也憤而辭職。富有同情心的小霞決定擔任他的臨時助手，然而瑪奇的魔術表演依舊慘不忍睹，甚至在舞台上意外引發火警，導致他被劇院老闆當場開除。瑪奇因此陷入深深的沮喪，並對著他的夥伴寶可夢蛋蛋訴苦。
蛋蛋的催眠術與秘密行動
小智一行人決定幫助瑪奇振作，提議由寶可夢協助表演魔術。然而，小智的妙蛙種子、傑尼龜和小火龍卻在表演過程中發生內鬨，現場亂成一團。就在此時，瑪奇發現他的蛋蛋竟然對小智施展了催眠術，使小智變得唯命是從。瑪奇看中了催眠術的力量，帶著受控的小智前往「葉子森林」，利用小智的寶可夢削弱野生椰蛋樹的體力，進而收服了龐大的椰蛋樹軍團，妄想藉此控制觀眾來達成自己的魔術夢想。
椰蛋樹軍團的大混亂
火箭隊三人組隨後出現，企圖奪走這支強大的椰蛋樹軍團。在騷動中，瑪奇的蛋蛋突然進化成了椰蛋樹，隨即引發連鎖反應，所有的椰蛋樹開始集體互相施展催眠術。這導致椰蛋樹軍團集體陷入混亂，開始不受控制地朝著城鎮橫衝直撞。為了保護城鎮免受破壞，劇院老闆決定在廣場所設置定時炸彈，企圖炸掉整群椰蛋樹。小智在皮卡丘的電擊下清醒過來，得知事態嚴重，趕緊前往阻止悲劇發生。
火熱的救援與進化的光芒
小智發現椰蛋樹對水屬性和草屬性攻擊毫無反應，唯有火屬性攻擊能讓牠們清醒。面對不斷逼近炸彈埋設地點的椰蛋樹群，小智指揮小火龍奮力噴火。在小霞的激勵下，瑪奇終於鼓起勇氣，與小火龍配合施展出真正的「火焰魔術」。火光成功喚醒了所有椰蛋樹，讓牠們在炸彈爆炸前的最後一刻撤離。立下大功的小火龍在戰鬥後釋放出耀眼光芒，進化成了火恐龍。最後，瑪奇決定腳踏實地磨練演技，與椰蛋樹一起重新出發，而小智一行人也繼續踏上他們的冒險旅程。