前往凱那市與神秘的棄船
在武鬥島獲得第二枚道館徽章後，小智一行人乘船前往下一個目的地凱那市，準備讓小遙參加當地的寶可夢華麗大賽。然而，火箭隊再度現身攪局，偽裝成好心的船夫提供飲料與食物，隨後趁機捕捉皮卡丘。經過一番戰鬥，小智的龍蝦小兵與小遙的狩獵鳳蝶成功擊退了火箭隊，但小智一行人也因為船隻燃料耗盡且缺乏通訊設備，在海上隨波逐流，最終在濃霧中發現了一艘巨大的座礁棄船。
探險隊的出發與失蹤事件
小智一行人在棄船上遇到了前來調查的男子廣海。廣海曾是這艘船的船員，當年船難發生時，他因混亂不慎與夥伴寶可夢沼躍魚失散，這次回來除了調查船隻是否需要撤除，更希望能找回昔日的夥伴。眾人在船上休息時，小遙的火稚雞意外失蹤，接著小勝與隨後潛入船內的火箭隊成員喵喵、小次郎也相繼被不明的線球絲線捆綁抓走。小遙在尋找過程中也被拖入水中，失蹤人員被集中在一個充滿寶可夢的房間內。
巨沼怪的憤怒與廣海的真心
小智、小剛與廣海在水躍魚的引導下找到了被囚禁的眾人，並發現這一切的幕後黑手竟然是一隻強大的巨沼怪。廣海一眼認出這隻巨沼怪就是當年他失散的沼躍魚進化而成的。巨沼怪因為誤會廣海當年拋棄了牠，對人類產生了強烈的敵意，並試圖守護牠現在的家。廣海忍受著巨沼怪的攻擊，誠懇地解釋當年是因為混亂中以為牠待在精靈球裡才會先行離開，絕對沒有遺棄牠的意思。
溫馨重逢與新的目標
在廣海真誠的呼喚與對往事的回憶下，巨沼怪終於記起了與廣海一起特訓、學習「鐵尾」並進化的點點滴滴，兩者最終流淚相擁，化解了多年的心結。此時，不死心的火箭隊再度發動攻擊企圖搶奪巨沼怪，卻被巨沼怪威力驚人的「水炮」直接打飛。最後，廣海決定留在棄船上，將這裡整備成水屬性寶可夢與過往寶可夢休息的綠洲。在廣海的護送下，小智一行人終於抵達了凱那市，準備迎接新的挑戰。