修行與意外的挑戰者
為了在武鬥道館的重賽中獲勝，小智與皮卡丘、傲骨燕、木守宮、龍蝦小兵在武鬥島的海邊進行艱苦的特訓，練習如何看準浪潮的節奏來躲避攻擊。就在小剛準備好早餐時，一位自稱是藤樹的「頭號弟子兼戀人」的格鬥少女——忍，帶著她的寶可夢瑪沙那出現在眾人面前。忍展現出極強的勝負欲，並向小智提出挑戰。雖然小智正要吃早餐，但受不了忍的挑釁，兩人決定展開一場非正式的對戰。
強大颶風與避難行動
對戰開始後，小智利用特訓中學會的靈活步法，讓皮卡丘多次巧妙躲過瑪沙那的「氣合拳」與「飛膝踢」。此時，武鬥道館的館主藤樹突然趕到，神色凝重地告知眾人大型颶風即將來襲。皮卡丘早在對戰前就察覺到雲層的異樣，而森林裡的野生寶可夢也紛紛開始遷移。為了安全起見，小智一行人、忍以及一路尾隨企圖挖掘陷阱的火箭隊，在藤樹的帶領下前往島上的山洞避難。
自然之理與心靈感應
在山洞中避難期間，眾人救助了迷路的橡實果與蘑蘑菇。藤樹向小智與忍解釋，真正的強大並非僅靠熱血與力量，而是要學會「順應自然的流動」。他指出忍過去之所以未能成為正式弟子，是因為她過於追求勝利而忽略了與寶可夢之間的心靈一體感。這番話讓忍陷入了沉思。火箭隊三人組在受邀取暖時感受到藤樹的寬大胸懷，卻在隔天清晨颶風平息後本性難移地企圖奪取皮卡丘，最終被藤樹的超力王以強力的「掌摑」送向遠方。
重啟對戰與邁向道館賽
暴風雨過後，忍再次請求小智進行對戰。這一次，忍展現了全新的戰鬥風格，她能冷靜地感受瑪沙那的呼吸，並配合「看穿」與「冥想」使出精準的攻防。然而，小智的修行成果更勝一籌，他指揮皮卡丘閉上雙眼感知對手氣息，以完美的時機避開攻擊並施展「十萬伏特」贏得勝利。看到忍的成長，藤樹正式宣布收她為徒。最後，藤樹向小智承諾進行道館賽，並帶領他們來到只有退潮時才會出現的特殊岩石路，前往位於小島上的祕密練習場，準備迎接即將到來的道館再戰。