格拉吉歐完成大試驗與莉莉艾的目標
故事始於波尼島，格拉吉歐與島嶼女王哈普烏展開了大試驗的最終對決。格拉吉歐指揮鬃岩狼人（黑夜的樣子）使出龍屬性的Z招式「究極巨龍震天地」，成功擊敗了哈普烏的泥偶巨人，順利通過了大試驗。哈普烏詢問他是否會參加即將舉行的阿羅拉寶可夢聯盟，格拉吉歐雖然有此打算，但他表示在此之前還有必須完成的事情，那就是尋找失蹤的父親莫恩。
與此同時，莉莉艾在自家讀著父親留下的日記，研究著古老的造物「瑪機雅娜」。日記記載著瑪機雅娜的核心是「魂心」，莫恩曾為了愛女莉莉艾而努力嘗試讓它再次動起來。小智與學校的夥伴們來到莉莉艾家進行Z招式特訓，莉莉艾向大家介紹了沉睡中的人造寶可夢瑪機雅娜，並表達了自己想要讓它甦醒並掌握Z招式的決心，希望能以此迎接與父親重逢的那一天。
阿羅拉寶可夢聯盟的正式啟動
庫庫伊博士站在即將完工的瑪納羅體育場前，感慨地看著自己從小到大的夢想終於實現。他在電視轉播中向全阿羅拉地區正式宣佈「阿羅拉寶可夢聯盟」正式成立，並邀請所有訓練家參與這場充滿熱情的盛會。此外，庫庫伊博士還加碼宣佈了一項特別驚喜：聯盟的首屆冠軍將獲得與「皇家蒙面人」及其搭檔熾焰咆哮虎進行特別表演賽的資格。這個消息讓小智、卡奇等夥伴們熱血沸騰，每個人都展現出奪冠的強烈鬥志。
夥伴們的特訓與莉莉艾的突破
為了迎接聯盟，眾人在莉莉艾家展開了密集的特訓。瑪奧與甜冷美后不斷練習招式動作，水蓮的西獅海壬與馬瑪內的鍬農炮蟲也各自精進實力。莉莉艾雖然對如何傳達Z力量給「白晃晃」（阿羅拉六尾）感到困惑，但在小智「熱血沸騰、啪地閃耀」的直覺式建議下，她反覆研讀父親的日記尋求啟發。在一次全神貫注的練習中，莉莉艾感受到與白晃晃的心意相通，成功使出了冰屬性的Z招式「激凍一氣通貫」，獲得了眾人的喝采，這也代表她具備了正式登陸聯盟賽場的實力。
尋回父親的羈絆：索羅亞克現身
另一邊，格拉吉歐帶著月亮伊布在荒野中不斷搜尋。他透過父親留下的線索，試圖找回莫恩曾經的搭檔——索羅亞克。在月亮伊布的引導下，格拉吉歐終於發現了索羅亞克的蹤跡。索羅亞克起初展現出警戒心，並利用幻影展現出昔日莫恩與家人在一起的溫馨景象，包括年幼的格拉吉歐與襁褓中的莉莉艾。這段幻影讓格拉吉歐更加確定父親依然在某處生存。格拉吉歐誠摯地向索羅亞克請求，希望能藉助它的力量一起找回父親。感受到了格拉吉歐的決心與對父親的愛，索羅亞克決定加入格拉吉歐的隊伍。兩兄妹各自在尋找父親與提升實力的道路上邁出了堅實的一步。