意外的相遇：從河流中救出的寶寶暴龍
故事開端於火箭隊的武藏、小次郎與喵喵企圖強奪一隻寶寶暴龍，並計劃將其進化為怪顎龍作為戰力，卻在混亂中讓寶寶暴龍掉入河流失蹤。隔天清晨，柚麗嘉在河邊取水時，發現了受困於河中岩縫的寶寶暴龍，並奮力將其救起。這隻寶寶暴龍個性雖然有些固執，但似乎被柚麗嘉穿著的怪顎龍圖案睡衣所吸引，對她表現出極大的親近感，甚至不斷撒嬌。在小智、希特隆與莎莉娜的觀察下，發現這隻寶寶暴龍非常親人，完全不像是單純的野生寶可夢。
悉心的照料：柚麗嘉與寶寶暴龍的深厚羈絆
柚麗嘉像一位小媽媽一樣，細心地照顧寶寶暴龍，不僅幫牠刷牙、清洗弄髒的身體，還分享寶可夢食物與莎莉娜製作的波夫雷。在玩捉迷藏的過程中，寶寶暴龍與咚咚鼠、掘掘兔建立了友誼。柚麗嘉對這隻可愛的寶可夢產生了深厚的情感，希望能由希特隆協助「暫時收服（Keep）」，讓牠成為旅途中的夥伴，寶寶暴龍也開心地回應了這份心意。
危機中的進化：為了守護而覺醒的力量
然而，火箭隊再次現身襲擊，利用機械陷阱抓住了柚麗嘉、寶寶暴龍、咚咚鼠與掘掘兔。在逃亡過程中，柚麗嘉指揮掘掘兔挖掘大量地洞來戲弄火箭隊，並帶著寶寶暴龍奮力奔跑。當火箭隊最終將柚麗嘉逼入絕境並用機械手臂困住她時，寶寶暴龍為了救出最心愛的柚麗嘉，在強烈的守護心願下激發潛能，成功進化成身形巨大的怪顎龍。進化後的怪顎龍以驚人的咬碎力量輕易咬斷了火箭隊的「超級合金」機械，隨後在小智等人的助陣下，成功將火箭隊擊飛。
感傷的離別：真正的歸屬與未來的約定
戰鬥結束後，柚麗嘉正準備收服怪顎龍時，希特隆發現怪顎龍身上早已帶有登錄訊息，原來牠是有主人的。不久後，化石寶可夢研究所的研究員們趕到，解釋這隻怪顎龍是從研究所逃脫的受保護對象。雖然柚麗嘉萬分不捨，但在看到怪顎龍與研究所的其他夥伴們團聚的模樣後，她明白那裡才是最適合牠生活的地方。在忍住淚水與怪顎龍進行最後的刷牙告別，並歸還了刷子後，柚麗嘉與怪顎龍立下約定未來一定會再相見。小智一行人帶著這份溫暖的回憶，繼續朝著目標前進。