火箭隊的奇襲與無法打開的籠子
在前往淺黃市的旅途中，小智一行人再度遭到火箭隊的伏擊。這次火箭隊有備而來，使用了一款由特殊塑料製成、號稱堅不可摧的寶可夢攜帶籠「打不開君」，並趁亂將皮卡丘關入籠內。武藏得意地宣稱，這座籠子的鑰匙全世界只有一把，且這把鑰匙目前正掛在果然翁的脖子上。為了營救皮卡丘，小智一行人緊追不捨，但在混亂中，果然翁與掛在脖子上的鑰匙一同墜入河流之中，被迫與眾人分離。
失控的追逐戰與怪盜隆隆岩的出現
果然翁在河流中展開了一場驚險的漂流，甚至短暫地騎在沼王背上前行。小智一行人與火箭隊為了各自的目的，展開了激烈的搜救競爭。與此同時，當地的君莎小姐正帶領警隊追捕惡名昭彰的「怪盜隆隆岩」。這名大盜利用強大的隆隆岩四處作案。在追逐過程中，果然翁意外掉落到了怪盜隆隆岩的逃亡卡車上。由於果然翁一直卡在卡車的擋風玻璃處，導致怪盜無法正常駕駛並最終被警方封鎖在鎮上。
果然翁淪為人質與最終對決
窮途末路的怪盜隆隆岩挾持了果然翁作為人質，躲進一棟大樓內並要求警方提供逃亡用的直升機。火箭隊本想利用秘密地道與怪盜達成交易，企圖換取鑰匙和財寶，卻遭到怪盜的背叛。小智在此時趕到，派出小鋸鱷試圖制服隆隆岩。雖然隆隆岩實力強勁，利用影子分身與爆裂拳讓小鋸鱷陷入苦戰，但在關鍵時刻，果然翁發動了招式「雙倍奉還」，將隆隆岩的強力攻擊全數反彈，成功擊敗了隆隆岩，怪盜也因此被君莎小姐順利逮捕。
奪回鑰匙與解救皮卡丘
危機解除後，武藏趁亂收回果然翁，並企圖搭乘熱氣球逃走，打算日後再用鑰匙交換皮卡丘。小智及時派出了貓頭夜鷹刺破熱氣球，讓火箭隊從空中摔落。小智在混亂中奪回了這唯一的鑰匙，成功打開籠子讓皮卡丘重獲自由。最終，重聚的小智與皮卡丘以強大的「十萬伏特」將火箭隊擊飛。在君莎小姐的感謝聲中，小智一行人拿回了皮卡丘，再次充滿朝氣地朝著淺黃市邁進。