遇見阿輝與果然翁
小智、小霞與小剛在前往下一個道館所在地滿金市的途中，經過了即將舉辦大祭典的「葉子鎮」。在那裡，他們遇見了一位名叫阿輝的訓練家，他帶著一隻性格溫和的「果然翁」。阿輝告訴小智他們，雖然他很喜歡果然翁，但為了想嘗試培育不同種類的寶可夢，決定參加鎮上舉辦的「寶可夢交換大會」，並在會前對果然翁進行最後的調整。
葉子鎮的肯泰羅大賽
抵達葉子鎮後，眾人被當地著名的「肯泰羅賽跑」與「肯泰羅對戰」所吸引。看到熱血的對戰場面，小智也忍不住想要參賽。他致電給大木博士，將原本待在研究所的赫拉克羅斯傳送回去，換來了他在野生原野區捕獲的肯泰羅。在隨後的肯泰羅對戰中，小智展現出精湛的指揮能力，成功擊敗了連勝十人的強大對手三次，成為了當天的肯泰羅對戰冠軍。
火箭隊的陰謀與意外的交換
與此同時，火箭隊也潛伏在祭典中，他們製作了一台偽裝的交換機器，宣稱能讓寶可夢在交換時提升等級，實則是用來盜取訓練家的寶可夢球。在混亂的現場，小次郎意外發現了曾經騙他買下鯉魚王的奸商大叔，兩人在追逐過程中撞到了武藏。就在那一瞬間，武藏原本持有的「大舌頭」寶可夢球意外掉進了機器的傳輸口，而阿輝也正巧在機器另一頭將「果然翁」的球放入。在兩人都未察覺的情況下，大舌頭與果然翁就這樣完成了交換。
奪回寶可夢與新的夥伴
火箭隊隨後揭穿真面目，帶著大批盜取的寶可夢球逃跑。小智指揮所有受害訓練家的肯泰羅發動集體「突進」，成功攔截了火箭隊。武藏在最後的戰鬥中原本想派出大舌頭應戰，沒想到跳出來的卻是果然翁，這才發現寶可夢被交換了。雖然果然翁不會主動攻擊，但憑藉著強大的「反擊」招式，一度讓小智的菊草葉陷入苦戰。最終，皮卡丘以十萬伏特將火箭隊擊飛，成功奪回了所有被盜的寶可夢球。
結尾與祝福
事件平息後，阿輝找到了小智，高興地表示自己換到了可愛的大舌頭。他對著天空大聲叮囑那位「白衣大姊（武藏）」，一定要好好照顧溫柔的果然翁。而火箭隊雖然失去了大舌頭，卻也在混亂中莫名其妙地多了一位愛搶鏡頭的新成員——果然翁。小智一行人則帶著滿滿的回憶，繼續朝著滿金市前進。