前往白銀大會的起點
在成功挑戰煙墨道館並從館主小樁手中獲得最後一枚徽章後，小智終於集齊了八枚徽章，獲得了參加城都聯盟的資格。小樁告訴小智，這一屆的城都聯盟被稱為「白銀大會」，將於三個月後在白銀山腳下的白銀鎮舉行。為了正式報名參加大會，小智一行人決定先回到旅程的起點——若葉鎮的寶可夢中心進行登記。
火箭隊的卑劣計畫
一直暗中觀察小智的火箭隊三人組，得知小智集齊徽章後心生歹念。武藏、小次郎與喵喵喬裝成「每日寶可夢」的記者，以採訪大會參賽選者的名義誘騙小智。他們利用幫小智更換「王者服裝」的機會，趁機偷走了裝有八枚徽章的收納盒，並隨即逃之夭夭。
消失的徽章與神祕的寶可夢
火箭隊在逃跑途中發生了意外，徽章收納盒不慎掉落，並被一隻神祕的藍色寶可夢「小果然」撿走。小智發現徽章被偷後心急如焚，對他而言，這些徽章不僅是參賽證明，更代表著與夥伴們一同戰鬥的珍貴回憶。於是，眾人與小樁一起展開了大規模的搜尋行動。小智派出月桂葉與貓頭夜鷹在森林中尋找，期間這兩隻寶可夢偶遇了拿著徽章盒的小果然與一隻烏波，並在不知不覺中與這隻愛惡作劇的小果然建立了奇妙的連繫。
奪回徽章的大戰
火箭隊誤以為是烏波偷走了徽章，正打算強行捕捉時，月桂葉與貓頭夜鷹及時趕到保護現場。隨後，小果然利用其特有的「反擊」招式，在暗中協助月桂葉擊退了火箭隊的阿柏怪。就在火箭隊試圖駕駛氣球帶著徽章逃走時，小智與小樁騎乘哈克龍趕到。在貓頭夜鷹與皮卡丘的精準配合下，皮卡丘使出十萬伏特擊落氣球，小智終於奪回了被搶走的徽章。雖然一度找不到最後一枚「升龍徽章」，但在月桂葉與貓頭夜鷹的引導下，終於在草叢中找回了這枚重要的徽章。
邁向全新的挑戰
風波平息後，小智與大木博士通電話報告了好消息，並表達了奪冠的決心。在小樁的指引下，小智、小霞與小剛沿著山路向若葉鎮出發。雖然小智始終沒有親眼見到那隻在暗中幫忙的小果然，但這場徽章失而復得的插曲，讓小智更加堅定了邁向城都聯盟巔峰的意志。