挑戰收服強顎雞母蟲與前往寶可夢中心
故事開頭，小智與皮卡丘在洛托姆圖鑑的協助下，試圖收服野生寶可夢強顎雞母蟲。經過一番激戰，小智投出精靈球卻未能成功，強顎雞母蟲隨後鑽入地下逃走，皮卡丘也在追擊過程中受傷。為了治療皮卡丘，瑪奧帶著小智前往當地的寶可夢中心。在那裡，小智見到了阿羅拉地區的喬伊小姐，以及助手寶可夢幸福蛋和花療環環。在專業的照顧下，皮卡丘很快就恢復了精神。
火箭隊與謎擬Ｑ的正式收服
另一邊，火箭隊的武藏一直想收服先前遇到的謎擬Ｑ。在小次郎的百般不捨下，武藏強行使用了他珍藏的「豪華球」，竟然順利收服了謎擬Ｑ。正當他們慶祝時，穿著熊再次出現並強行帶走火箭隊。然而，穿著熊並沒有傷害他們，反而將他們帶回巢穴，並分享甜美的蜂蜜給他們吃，讓火箭隊感受到了一種莫名的溫馨與照顧。
肚子餓的木木梟與甜竹竹的誤會
在寶可夢學校附近的森林裡，生活著一群由銃嘴大鳥帶領的小篤兒和喇叭啄鳥家族，其中混入了一隻木木梟。木木梟因為白天太過睏倦，且將瑪奧的甜竹竹誤認為食物而遭到甜竹竹的旋轉攻擊。小智發現了體力不支且飢腸轆轆的木木梟，好心地分享了寶可夢食物。木木梟對小智產生了好感，但在飽餐一頓後，木木梟想起了家族的使命，帶著一塊西瓜回到了銃嘴大鳥的巢穴。
守護家族的戰鬥與新的夥伴
火箭隊為了報答穿著熊的收留之恩，決定搶奪小篤兒家族辛苦收集的樹果。他們利用機關抓住了小篤兒們，小智與瑪奧及時趕到現場。在戰鬥中，木木梟展現了驚人的腳力踢破捕獸網，救出了同伴，並與皮卡丘聯手對抗謎擬Ｑ。最終，火箭隊再次被穿著熊抱走，森林恢復了和平。小智雖然想收服木木梟，但考量到牠有家族要守護而決定放棄，沒想到銃嘴大鳥與同伴們看出了木木梟想跟隨小智的心，鼓勵牠離開。木木梟最終飛進了小智的背包，正式成為小智在阿羅拉地區收服的第一隻寶可夢。