乘風破浪的前行：邂逅神祕青年N
小智與皮卡丘、艾莉絲及天桐，正搭乘郵輪前往白之遺跡，目的是尋找與傳說寶可夢萊希拉姆有關的線索。航行途中，他們經過了神祕的遺跡「P2實驗室」。此時，一名擁有柔順綠色長髮的神祕青年N正站在岸邊，靜靜地注視著海面。隨後，他在船上與小智一行人正式相遇。N自稱能聽見「朋友」（寶可夢）的心聲，並向小智表示，他聽到了皮卡丘內心傳達出對小智極其深厚的愛與信賴，這讓對寶可夢與人類關係極感興趣的N對小智產生了好奇。
理想與羈絆：探尋寶可夢存在的意義
在交流中，天桐介紹自己為寶可夢酒侍，而小智則分享了自己曾在合眾地區旅行首日遇見傳說寶可夢捷克羅姆的往事。N聽聞後陷入沉思，他分享了關於萊希拉姆與捷克羅姆的英雄神話，並吐露了自己的理想。N質疑寶可夢在這個世界的處境是否真的幸福，他追求著能讓寶可夢變得完美的答案，甚至坦言自己並不喜歡讓寶可夢進行對戰。儘管小智追求著成為寶可夢大師的夢想與N的觀點有所出入，但N仍對小智那份純粹的熱情留下了深刻印象。
火箭隊的突襲：皮卡丘陷入重傷危機
正當小智與艾莉絲在船上的練習場進行對戰時，一直潛伏在船上的火箭隊發動了精心設計的奪取計畫。武藏、小郎與喵喵利用捕獲裝置誘捕了牙牙，並趁皮卡丘救援時將其一同困入不導電的特製容器中。小智派出的藤藤蛇嘗試救援，卻遭到火箭隊的敗露球菇與輕飄飄強力反擊。在混亂的戰鬥中，皮卡丘雖然成功脫困，卻不幸吸入了敗露球菇的麻痺粉，全身陷入動彈不得且生命力急速下降的危險狀態。
溫柔的療癒：保母曼波的神奇援助
面對陷入重傷的皮卡丘，N展現了他不可思議的能力。他出面斥責火箭隊將寶可夢視為工具的醜惡行為，並引導小智帶領皮卡丘來到甲板邊緣。N對著大海呼喚他的「朋友」，隨後數隻保母曼波應聲而來。保母曼波使用了「煥然一新」招式，成功排除了皮卡丘體內的麻痺毒素，並在餵食橙果後，讓皮卡丘恢復了往日的元氣。小智一行人對這奇蹟般的治癒與N的神祕力量感到由衷的佩服與感激。
短暫的道別：前往飛雲市的約定
隨著船隻抵達飛雲市，N決定在此下船。離別之際，他坦誠雖然兩人的理想世界或許不盡相同，但他並不討厭小智，並預感雙方將來一定會再見面。小智大聲向N承諾下次見面要聊更多事情。N在岸邊目送郵輪離去，心中暗自思索著小智與捷克羅姆相遇的意義，或許就像他與萊希拉姆的邂逅一樣，將會徹底改變命運。小智一行人也帶著新的心情，繼續朝著白之遺跡前進。