前往波尼大峽谷的目標
在波尼島進行自由研究的小智一行人，各自有著不同的目標。馬瑪內從哈普烏口中得知，波尼大峽谷內部存在著一種強大的磁場，能讓蟲電寶進化為鍬農炮蟲。於是，馬瑪內決定前往大峽谷完成進化挑戰，小智、卡奇與哈普烏也一同陪同前往。與此同時，水蓮在海邊與她的師傅伊亞及其搭檔西獅海壬重逢，並得知伊亞與卡諾阿即將離開波尼島展開長途旅行。
大峽谷的進化競賽
在進入波尼大峽谷後，馬瑪內意外遇見了過去在蟲電寶賽車大賽中的對手哈亞特。哈亞特同樣帶著他的紅色蟲電寶來到這裡，目標是尋找傳說中的「蟲之石」來讓寶可夢進化。兩人隨即展開一場進化競賽，看誰能先讓蟲電寶進化。進入漆黑的洞窟後，平時依賴托戈德瑪爾發光的馬瑪內陷入恐懼，但他的蟲電寶主動放電照亮道路，鼓勵馬瑪內繼續前行。兩人在洞窟盡頭發現了一塊發光的石頭，哈亞特在搶奪過程中不慎失足墜落，馬瑪內的蟲電寶為了救人並感應到大峽谷的特殊磁場，終於成功進化為鍬農炮蟲。
水蓮與球球海獅的特訓
在海邊，水蓮抓緊最後的機會跟隨師傅伊亞進行特訓。雖然伊亞的訓練看起來只是在海中嬉戲與唱歌，但其核心是讓水蓮與球球海獅感受大海的律動與節奏。伊亞展示了西獅海壬專用的Ｚ招式「海神莊嚴交響樂」，那震撼且美麗的表演激發了水蓮的鬥志。為了向即將啟程的師傅展現最後的成長，水蓮與球球海獅在告別聚會上全力投入，球球海獅在歌聲與情感的帶動下，成功進化成了花漾海獅。
進化後的全新旅程
師傅伊亞對水蓮與花漾海獅展現出的羈絆感到非常欣慰，並將自己珍貴的「西獅海壬Ｚ」贈送給了水蓮，期許她未來能掌握這項強大的招式。另一邊，馬瑪內也帶著進化後的鍬農炮蟲回到營地與大家會合，雖然哈亞特發現那顆石頭只是普通礦石，但他也誓言未來會在鍬農炮蟲大賽中再次向馬瑪內挑戰。這一天的自由研究，讓馬瑪內與水蓮的寶可夢都獲得了突破性的成長，為波尼島的冒險增添了輝煌的一頁。