前往對戰工廠與月見山的偶遇
小智一行人為了挑戰對戰開拓區的第一個設施「對戰工廠」，正在前往途中的月見山。旅途中，小剛提到他將樂天河童留在家中陪伴弟妹，而小遙也向大家展示了從魔術師那裡獲得的傑尼龜，小霞則對於傑尼龜如此親近小遙感到驚訝。此時，小霞接到了姐姐菖蒲從華藍道館打來的電話，得知許多挑戰者在道館排隊，急需小霞回去主持大局。就在眾人準備翻越月見山時，一隻稀有的皮寶寶突然出現在他們面前，吸引了大家的注意。
火箭隊的襲擊與意外的失散
正當大家與皮寶寶互動時，火箭隊駕駛著新型的吸入式機械「竹子號」現身，企圖搶奪皮卡丘與皮寶寶。在激烈的混亂中，小智派遣大王燕救回被吸走的寶可夢，但機械隨後發生了爆炸。這場爆炸導致小霞、小勝、皮卡丘、露力麗以及皮寶寶與小智等人失散，並掉落到溪流中被沖走。小智、小遙與小剛隨即展開搜尋，而月見山的皮皮與皮可西也因為尋找失蹤的皮寶寶而現身，與小智一行人共同行動。
小霞與小勝的羈絆與療癒時刻
在溪流下游，小霞發現皮卡丘因為受到火箭隊飯匙蛇「劇毒尾」的攻擊而中毒受傷，身體非常虛弱。由於附近沒有寶可夢中心，小霞展現了道館館主的專業判斷，指導露力麗使用「刷新」招式，成功將能量分給皮卡丘，化解了危機。在等待體力恢復的過程中，小勝與小霞聊起了身為弟妹的煩惱，小霞以過來人的身份開導小勝，認為雖然姐姐們有時很隨興，但在關鍵時刻依然是非常可靠且關心家人的，這番對話讓小勝對小遙的感情更加深厚。
揮指功的威力與火箭隊的敗北
雨過天晴後，小霞與小勝終於與小智等人重逢，皮寶寶也回到了皮皮與皮可西的身邊。然而火箭隊再次利用廢棄零件組裝成「松樹號」襲擊眾人。在對戰中，露力麗先是以「泡沫」攻擊導致機械失靈，隨後皮寶寶、皮皮與皮可西群體發動「揮指功」，連同小遙的小卡比獸也受氣氛感染使出「揮指功」。雖然中間出現了無意義的「躍起」和讓眾人混亂的「搖晃舞」，但最終成功使出了強力的「陽光烈焰」，配合皮卡丘的「十萬伏特」，將火箭隊擊飛到天邊。
滿月下的舞蹈與告別
隨著滿月升起，皮寶寶家族在月見山的月之石前跳起了充滿神祕色彩的月見之舞，小智一行人深受感動地在一旁觀察這難得一見的景象。隔日清晨，小霞與眾人告別，準備趕回華藍道館履行館主的職責，臨走前還不忘叮囑小勝要好好協助小遙。小智一行人則帶著新的體悟，繼續朝向對戰工廠邁進。