夏令營的最後挑戰：寶可夢鐵人三項
在寶可夢夏令營的最後一天，山梨博士宣布了壓軸活動「寶可夢鐵人三項」。這項比賽要求學員與隨機抽選的寶可夢合作，依次通過森林、湖泊，最後再與自己的搭檔寶可夢進行馬拉松衝刺。比賽積分將決定紅、藍、綠三組的最終勝負。小智與小葵這對競爭對手都立志奪冠，而考平則利用數據分析將小光視為最大勁敵。武藏（化名武藏琳娜）也為了綠組的奇蹟勝利展現出前所未有的鬥志。
森林與湖泊的技巧對決
第一階段的森林賽中，學員們需領取精靈球並與其中的寶可夢配合。小智與跳跳豬合作，小葵則抽到了阿利多斯，小光則是與嘟嘟利一同奔跑。小葵利用阿利多斯的吐絲技巧取得領先，隨後進入第二階段的湖泊賽。在湖泊賽中，小葵與拉普拉斯展現默契，小智則與小曼塔展開追擊。武藏在首輪抽到河馬獸卻因指揮不當落後，但在湖泊階段抽到一隻跳躍力驚人的鯉魚王，意外地以奇特的方式追上了領先群。
隧道的混亂與友情救援
比賽進入最後的馬拉松階段，參賽者必須與自己的搭檔寶可夢——小智的皮卡丘、小葵的小貓怪、小光的波加曼等一同跑向終點。考平與呆呆王利用策略穩定跟隨。然而在通過隧道時，武藏命令飯匙蛇違規攻擊競爭對手，導致現場陷入混亂。小葵在混亂中跌倒，小智為了救她毅然放棄領先地位。在確定小葵與小貓怪平安無事後，兩人決定再度發揮全力，展開一場純粹且熱血的終點衝刺。
最終衝刺與夏日的珍貴回憶
在最後的直線路段，小智與小葵憑藉驚人的意志力超越了體力不支的考平與武藏。最終，小智以些微差距率先抵達終點奪得第一名，小葵獲得第二名，紅組也因此成功反超奪得夏季夏令營的總冠軍。在營火晚會上，山梨博士為每位圓滿完成課程的學員頒發紀念獎章。小葵向小智坦承這是她參加過最愉快的一次夏令營，兩人相約未來在隨鎮再次對戰。這場充滿熱汗與淚水的寶可夢夏令營，為小智等人的旅程增添了一段珍貴的夏日回憶。