老友重逢與深山修行
為了迎接與對戰金字塔開拓之腦神代的最終決戰，小智在芬內爾谷的寶可夢中心與他最初的老夥伴們重逢。除了身邊的皮卡丘，大木博士傳送來了妙蛙種子，君莎小姐也帶着傑尼龜前來，噴火龍更是從噴火龍山谷特地飛來助陣。為了重拾當初成爲訓練家時的初心，並領悟與寶可夢心靈合一的戰鬥方式，小智帶領這四隻老搭檔進入深山進行封閉修行。在修行中，夥伴們展現了極佳的默契，噴火龍更展示了新學會的招式「鋼翼」，小智也感性地回憶起與每隻寶可夢最初相遇的故事。
火箭隊的干擾與神代的提議
修行期間，火箭隊偽裝成拉麵攤販試圖奪取皮卡丘，並使用了一台耐熱且耐水的鋼鐵氣球。小智巧妙地指揮噴火龍與傑尼龜輪流使用「噴射火焰」與「水槍」，利用冷熱交替使金屬疲勞，最後由妙蛙種子的「葉快刀」成功切開氣球擊退火箭隊。目睹這一切的神代對小智與寶可夢的一體感表示贊許，並正式向小智提議進行一場四對四的全面對戰。亞希達也在此時透露，若小智戰勝神代，將有資格成為開拓之腦的候選人。
對戰金字塔的激烈首戰
在對戰金字塔的正式決鬥中，神代首戰派出了幽靈屬性的仿徨夜靈。神代採取了極具壓制性的戰術，先以「黑色目光」封鎖噴火龍的替換權，再利用「奇異之光」使其陷入混亂。雖然小智憑藉強烈的牽絆呼喚讓噴火龍恢復清醒，但在戰鬥末段，小智一時失策下達了「地球上投」的指令。由於格鬥屬性招式對幽靈屬性的仿徨夜靈無效，攻擊落空的噴火龍露出致命破綻，最終被仿徨夜靈以「暗影拳」擊倒。失去首名大將的小智，面臨著開場即落後一分的嚴峻局面。