小遙的啟程與未白鎮的騷動
故事開端於一位名為小遙的十歲少女，她正獨自騎著自行車前往未白鎮，準備向父親的朋友小田卷博士領取第一隻寶可夢，並以此為契機展開旅行。儘管小遙內心對寶可夢其實有些畏懼，且比起成為訓練家，她更嚮往的是到處遊玩，但這場新的冒險仍因她偶遇野生寶可夢夜巡靈的驚嚇而熱鬧拉開序幕。
皮卡丘的異常與小智的焦急
與此同時，立志成為寶可夢大師的小智帶著皮卡丘搭船抵達了豐緣地區。然而，皮卡丘因為在之前的旅途中受磁力影響，體內積蓄了異常龐大的電力，陷入了「帶電症狀」導致高燒且意識模糊。由於港口附近沒有寶可夢中心，小智心急如焚地趕往小田卷博士的研究所求助。小田卷博士隨後駕車接應，並試圖利用研究設備吸收皮卡丘體內過剩的電能，不料設備因負荷過重引發爆炸，受驚且神智不清的皮卡丘隨即逃往了研究所後方的森林。
小田卷博士與小遙的初次相遇
小田卷博士在追尋皮卡丘的過程中，不慎跌落山坡並遭到一群土狼犬包圍威脅。此時剛好抵達的小遙在博士的請求下，急忙從博士的背包中取出精靈球救援。小遙選中了水躍魚，雖然她初次指揮顯得手忙腳亂，甚至讓水躍魚的水槍誤擊博士，但在博士的引導下，水躍魚最終成功驅散了土狼犬。隨後，小遙也加入了尋找皮卡丘的行列。
火箭隊的干擾與意外的治療
小智在斷崖邊找到了瀕臨爆炸邊緣的皮卡丘，他不顧自身安危緊緊抱住不斷放電的皮卡丘，終於讓皮卡丘稍微冷靜下來。此時，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵駕駛著特製的吸電機器「電電儲電2號」現身，企圖強行奪取皮卡丘。然而，火箭隊的機器在吸收皮卡丘的強力電擊時，反而誤打誤撞地排出了皮卡丘體內多餘的電力，治好了牠的帶電症狀。最終，體力恢復的皮卡丘使出強力的十萬伏特，將火箭隊的機器連同小遙的自行車一併炸毀，火箭隊再次化作流星消失在天際。
最初的夥伴與新的冒險起點
回到研究所後，皮卡丘在小智的悉心照料下完全康復。小田卷博士為了感謝小遙並祝賀她啟程，拿出了木守宮、水躍魚與火稚雞供她挑選。小遙覺得木守宮眼神可怕，而水躍魚之前不聽指揮，最後選擇了外型可愛的火稚雞作為第一隻夥伴。由於小遙的自行車被皮卡丘燒焦，她以此為由，提議與小智結伴同行前往古辰鎮。兩人與博士告別後，正式踏上了這段充滿未知與夢想的豐緣之旅。