目標豐緣地區！小智與皮卡丘的航海之旅
從小智與皮卡丘告別了真新鎮，從濱努港搭乘郵輪前往全新的冒險舞台——豐緣地區。小智對即將見到的新寶可夢與訓練家感到興奮不已，並計畫按照葉越的建議，抵達後先行拜訪未白鎮的小田卷博士。然而，一路尾隨的火箭隊三人組（武藏、小次郎與喵喵）也潛伏在船上，企圖趁著小智獨自旅行、且身邊沒有其他夥伴妨礙的絕佳機會，再次奪取皮卡丘。
火箭隊的深夜奇襲與船艙大亂鬥
深夜，火箭隊發動計畫，利用特製的防電容器成功擄走睡夢中的皮卡丘。小智察覺後，在船員與其寶可夢豪力的協助下，利用船內搜索系統在食料倉庫截獲了火箭隊。由於小智將除了皮卡丘以外的寶可夢都留在真新鎮的歐基德博士處，此時只能依靠豪力與對方周旋。戰鬥中，火箭隊的雙彈瓦斯與阿柏怪不慎擊毀了貯水槽，引發大量水流沖刷。混亂中，火箭隊利用繩索帶著皮卡丘逃向岸邊，小智奮不顧身地追了上去，卻導致皮卡丘與喵喵意外與眾人失散，墜入森林深處。
森林中的奇遇：皮卡丘與喵喵的短暫合作
皮卡丘與喵喵在森林中醒來，發現自己身處陌生環境且與同伴失散。他們遇到了一群生活在此的小拉達、走路草與波波，這群寶可夢正深受一群霸道的鬼斯通欺負。雖然皮卡丘目前身為火箭隊的目標，但看到弱小的寶可夢受苦，皮卡丘毅然決定挺身而出。喵喵起初百般不願，但在皮卡丘堅持「如果是小智一定會幫忙」的正義感驅使下，兩隻寶可夢竟然罕見地聯手對抗鬼斯通群。皮卡丘展現出強大的鬥志，最終擊退了鬼斯通，保護了森林的平靜，甚至贏得了野生寶可夢們的仰慕，紛紛希望皮卡丘能留下當牠們的首領。
跨越危機！抵達未白鎮與突發的異狀
此時，小智在君莎小姐與大比鳥的協助下趕到現場。火箭隊不肯死心，隨即啟動「超級電磁鐵機器」試圖強力捕捉皮卡丘。危急時刻，森林中的野生小拉達為了報恩，使用「必殺門牙」咬碎了機器的核心，受感化的鬼斯通群也加入戰局，集體發動攻擊將火箭隊擊飛。小智終於與皮卡丘重逢，並趕在郵輪起航前回到船上，順利抵達了目的地未白鎮。然而，當小智正要開啟新的冒險旅程時，卻發現皮卡丘因為白天的連番激戰與電力異常，突然發起了嚴重的高燒，為這段新旅程埋下了不安的伏筆。