穿越時空的對戰與荒廢的世界
故事開始於一個清爽的早晨，小智與庫庫伊博士、芭內特博士一起感受阿羅拉的大自然精華。小智充滿活力地準備迎接下午與卡奇的對戰練習，卻在路途中意外遇見了美樂美樂島的守護神卡璞・鳴鳴。卡璞・鳴鳴似乎在向小智發出挑戰，引導他來到一處空地展開對決。然而，在皮卡丘的十萬伏特與卡璞・鳴鳴的力量產生強烈碰撞並引發巨大爆炸後，小智與皮卡丘隨即失去了意識。
強大的威脅：惡食大王現身
當小智醒來時，發現自己身處一個完全陌生的荒涼世界，四周盡是斷垣殘壁。在廢墟中，他目睹了一隻巨大的寶可夢正在吞噬建築物殘骸，那正是危險的究極異獸——惡食大王。小智試圖發動攻擊阻止牠，卻發現皮卡丘的電擊招式竟然直接被惡食大王吞入腹中，連平時威力強大的Z招式也因為Z手環失去感應而無法發動。就在千鈞一髮之際，一名神秘青年迪亞帶著寶可夢捷拉奧拉現身，以強力的「近身戰」與「等離子閃魂」暫時擊退了惡食大王並救出小智。
迪亞的堅持與被遺棄的土地
迪亞帶著小智避開惡食大王的蹤跡，並解釋這片土地曾經擁有美麗的自然與和諧的人寵生活，但自從惡食大王出現後，一切都被毀滅殆盡。原本守護這裡的「究極巡邏隊」因無力對抗而撤離，而迪亞作為前隊員，為了奪回過去的風景，選擇獨自與捷拉奧拉留下來戰鬥。小智雖然熱血地表示想幫忙，但迪亞認為小智的實力在面對這種層次的威脅時只是「足手待贅（累贅）」，拒絕了他的提議。
實力的差距與令人震驚的真相
為了證明自己有戰鬥的能力，小智向迪亞提出對戰挑戰。由皮卡丘對戰捷拉奧拉，對戰過程中捷拉奧拉展現了壓倒性的速度與力量，皮卡丘的「電網」與「十萬伏特」完全無法對其造成傷害，最終皮卡丘敗在了捷拉奧拉的強大攻勢下。迪亞要求小智在聯繫上救援前先待在阿姆羅的基地避難，不要隨意走動。就在前往基地的路上，小智看著周遭破碎的景象，驚覺眼前那座殘破不堪、雜草叢生的廢墟建築，竟然就是他每天上課的「寶可夢學校」。