火箭隊的意外假期與神奧地區的調查
火箭隊的武藏、小次郎與喵喵原本正在策劃壞事，卻意外接到坂木老大的秘書真鳥傳達的命令，要求他們即刻進行「特別休假」。雖然感到不可思議，三人還是決定前往神奧地區的名勝區放鬆身心。與此同時，小智與小豪受櫻木博士的委託，前往名勝區調查傳聞中棲息在池塘裡的「霸主」寶可夢。雙方在池塘邊偶遇，但為了遵守休假命令，火箭隊克制住捕捉皮卡丘的衝動，甚至在小豪挑選釣竿與釣魚遇到困難時，主動提供了專業的指導與協助。
釣起霸主鯉魚王
在火箭隊的暗中幫助下，小豪先後收服了角金魚與一般的鯉魚王。隨後，小豪使用特製的章魚桶釣餌，成功釣起了一隻體型異常巨大的「霸主」鯉魚王。這隻鯉魚王展現出驚人的力量與跳躍力，最終在小智與利歐路的協助下，小豪利用走路草的催眠粉使其陷入睡眠，成功收服了這隻巨大的霸主寶可夢。
真鳥精銳部隊的陰謀
就在眾人沉浸在收服喜悅時，真鳥率領的火箭隊精銳部隊「真鳥矩陣」突然現身，開始大規模掠奪當地訓練家的寶可夢。武藏一行人這才發現，所謂的「特別休假」只是真鳥為了獨佔功勞，故意將他們調離的藉口。面對真鳥的輕視與獨斷，感到憤怒的武藏、小次郎與喵喵決定暗中報復，他們主動向小智與小豪提供協助，並擬定了救回寶可夢的作戰計劃。
秘密聯手與奪還作戰
根據火箭隊提供的發信器情報，小智與小豪找到了真鳥精銳部隊的藏身處。武藏一行人利用頭腦與智慧，指導小豪利用霸主鯉魚王的強力躍起作為掩護，吸引敵方的注意。小智趁機衝入敵營營救皮卡丘與利歐路，並在武藏等人的暗中配合下，成功救出了所有被捕捉的寶可夢。隨後君莎小姐趕到現場，真鳥見情勢不利被迫下令撤退，掠奪行動宣告失敗。
任務回歸與意外的結局
事件結束後，小智與小豪對這群「好心人」表達了由衷的感謝，而武藏一行人則在沒被識破身份的情況下帥氣地離去。回到總部後，武藏等人向真鳥炫耀自己的精神煥發，以此嘲諷行動失敗而垂頭喪氣的真鳥，感到出了一口惡氣。小智與小豪回到研究所後，向櫻木博士展示了巨大的霸主鯉魚王，這次的冒險也讓小智與火箭隊之間留下了一段奇妙的「停戰」回憶。