前往調查污染湖泊
小智與小豪收到櫻木博士的消息，得知傳說的寶可夢「水君」出現在某處深山的湖泊。傳聞中水君會在世界各地旅行並淨化污水，但這次牠卻在淨化湖泊後反常地停留於該處。兩人抵達現場後，發現湖泊散發著惡臭，且湖水已被嚴重污染，情況極不尋常。
對抗惡毒的寶可夢獵人
他們發現這一切都是一群寶可夢獵人的陰謀。這群獵人故意利用臭臭泥和破破袋不斷排放毒素污染湖泊，企圖讓前來淨化水質的水君體力耗盡，進而實施捕捉計畫。小智見狀立刻挺身而出阻止獵人，與皮卡丘和路卡利歐展開激戰，但獵人的灰塵山也發動了猛烈攻擊。
小豪出奇招收服水君
就在水君精疲力竭、即將落入獵人之手時，小豪為了保護水君，決定冒險投出精靈球。令所有人驚訝的是，小豪竟然成功收服了傳說中的水君。小豪隨即帶著球逃離現場，小智則留下斷後。在森林中，小豪釋放出受傷的水君並細心照料，利用採集來的樹果為牠解毒療傷，漸漸取得了水君的信任。
水君恢復與最終反擊
獵人團最終還是追蹤到了小豪，並派出了黑魯加。在危急時刻，小豪利用剛剛收服的催眠貘進行對抗，但仍陷入苦戰。此時體力康復的水君現身，認可了小豪的心意並與他並肩戰鬥，以強大的「水炮」和「冰凍光束」徹底擊潰獵人團。最後，君莎小姐抵達並將獵人們逮捕歸案。
傳說的羈絆與新起點
戰鬥結束後，小豪本想釋放水君讓牠回歸自然，但水君雖然繼續踏上巡迴世界淨化水源的旅程，卻選擇留在精靈球中成為小豪的夥伴。儘管水君平時不在身邊，小豪依然能感受到與牠之間的強烈聯繫。這次奇蹟般的邂逅，也讓小豪朝著收服所有寶可夢的夢想邁進了一大步。