前往橙華市的途中與溶食獸的出現
小智、小遙、小勝與小剛正朝著下一個道館所在地橙華市前進，小智對於即將與千里進行的道館賽感到興奮不已。途中，一隻貪吃的溶食獸突然出現並吃掉了他們的午餐。就在此時，城鎮響起了警戒警報，君莎小姐正緊急引導市民避難。小智一行人進入城鎮後，發現成群結隊的溶食獸正四處吞噬食物，這讓城鎮陷入了空前的混亂。
夏庫吉博士與擊退大作戰
在當地的寶可夢中心，小智等人見到了專門研究溶食獸50年的夏庫吉博士，以及坐鎮指揮的君莎小姐與喬伊小姐。為了守護中央倉庫的糧食，夏庫吉博士啟動了「A作戰」，利用他發明的「超兵器能量方塊」試圖引走名為「阿爾法」的溶食獸群。然而，火箭隊的武藏、小次郎與喵喵卻半路殺出企圖搶奪食物，結果遭到溶食獸群以「蓄力」後的「噴出」攻擊炸飛。隨後，溶食獸群轉向地下道進攻倉庫，博士只好準備動用更強大的兵器。
巨大化意外與震撼的湖邊對決
夏庫吉博士祭出了新發明「超素粒子TH炮」，這台機器能將溶食獸分解後再以超高速發射出去。然而，在處理最後一隻溶食獸時，機器突然發生故障。小智的木守宮在嘗試阻止時，意外與溶食獸一同被光束擊中。沒想到溶食獸體內的能量與機器的粒子產生化學反應，導致木守宮與溶食獸竟然同時巨大化。為了防止城鎮被巨大的寶可夢踩扁，小智指示巨大木守宮將巨大溶食獸引導至湖邊。兩隻龐然大物展開了激烈的對峙與肉搏，木守宮最終因耗盡能量而縮回原本的大小。
最後的手段：重量球收服
面對依然維持巨大身型並意圖返回城鎮的溶食獸，眾人陷入束手無策的困境。此時夏庫吉博士決定嘗試最後的手段，在小剛的提醒下，他拿出專門用來捕捉重型寶可夢的「重量球」。隨著重量球精準投出，巨大的溶食獸在球內劇烈掙扎後，終於成功被收服。雖然危機暫時化解，但溶食獸從球中放出來時依然是巨大的模樣，夏庫吉博士承諾會用盡全副心智找出讓其恢復的方法。解決了這場巨大的風波後，小智一行人繼續向著橙華市邁進。