抵達培育屋農場
小智一行人在獲得了對戰開拓區的第二個象徵「勇氣象徵」後，正馬不停蹄地朝向對戰巨蛋前進。旅途中，小遙被一座充滿溫馨氣氛的農場吸引而擅自進入，卻意外遭到負責看守的雷電球攻擊。隨後，農場主人的女兒白海出現，並認出小遙正是曾在金黃大賽中奪冠的協調訓練家。原來這是一座專門預約照顧並孵化寶可夢蛋的「寶可夢培育屋」。
小遙與白海的練習對戰
白海的父母辛理與公美向小智一行人透露，白海雖然夢想成為頂尖協調訓練家，卻因為缺乏自信而不敢獨自出門旅行。為了展现实力的差距，白海向小遙提出挑戰，派出霸王花對抗小遙的小卡比獸。戰鬥中小卡比獸雖然一度陷入混亂與麻痺，卻在小遙的鼓勵下意外展現了新學會的「真氣拳」重創對手。隨後，小遙與白海在整理蛋的保管室時談心，小遙以自己從抗拒寶可夢到愛上寶可夢的心路歷程鼓勵白海勇敢踏出第一步。
火箭隊的偷竊計畫
火箭隊盯上了農場裡的寶可夢蛋，利用「大蛋換小蛋」的陷阱引開眾人注意，隨後駕駛特製機械潛入保管室，將包含一顆即將孵化的蛋在內的所有蛋洗劫一空。面對人質（蛋）在對方手中的情況，小智一行人投鼠忌器，無法發動強力攻擊。此時，白海發揮了培育家的專業知識，指揮霸王花使用「麻痺粉」和「花瓣舞」在不傷及蛋的情況下成功干擾火箭隊，奪回了失竊的蛋，而小卡比獸也及時接住了差點摔落的那顆即將孵化的蛋。
皮卡丘的進化與全新的旅程
就在火箭隊企圖反擊時，皮卡丘在發動「電光一閃」的過程中，身體突然湧現驚人的電流，使出了威力巨大的新絕招「伏特攻擊」，將火箭隊徹底擊飛。戰鬥結束後，那顆備受關注的蛋順利孵化成一隻可愛的六尾。白海目睹了生命的誕生與戰鬥的熱血，終於鼓起勇氣決定出發旅行。為了感謝大家的協助，培育屋主人贈送了一顆珍貴的寶可夢蛋給小遙。帶著新的期待與新學會的絕招，小智一行人再次啟程前往下一個挑戰地點。