洛奇亞的憤怒與少年的承諾
接續上一集的劇情，小銀被火箭隊的亞瑪多與小三郎強行奪走後，心急如焚的修一與小智一行人陷入了低潮。此時，失去孩子的洛奇亞親鳥現身，憤怒的咆哮與強大的力量引發了劇烈的暴風雨與海嘯，威脅著周遭的安全。為了平息洛奇亞的怒火，小智與阿弘冒著生命危險在暴風雨中與洛奇亞溝通。他們向洛奇亞許下承諾，絕對會平安救回小銀，洛奇亞感受到少年們的真誠，終於停止了攻擊並潛入海中，選擇相信人類。
深海基地的搜查行動
為了救回小銀，一行人展開了大規模的搜查。阿弘推測火箭隊為了捕捉親鳥洛奇亞，絕不會將小銀帶離太遠，且極可能藏身於水底基地中。小霞與小智分別派出太陽珊瑚、角金魚、海星星、蚊香蛙以及小鋸鱷，在電燈怪的引路下，終於發現了隱藏在海底的火箭隊祕密基地。與此同時，武藏、小次郎與喵喵也企圖潛入基地搶奪功勞，卻意外被基地浮出的排水系統捲入其中。
南波博士的憤怒增幅裝置
隨著基地浮出海面，洛奇亞為了救孩子也隨之現身。然而，這正是火箭隊南波博士設下的陷阱。亞瑪多與小三郎再次阻攔小智一行人，並使用了南波博士開發的「憤怒增幅裝置」（南波5號），強制提升了戴魯比與戰舞郎的攻擊力。阿弘派出了進化的火恐龍（小火）戰鬥，但面對憤怒增幅後的強大力量，眾人陷入苦戰。儘管皮卡丘與雷恩不斷嘗試提醒洛奇亞遠離陷阱，但洛奇亞為了保護被囚禁的小銀，依然奮不顧身地靠近。
絕體絕命的大危機
在混亂的戰鬥中，洛奇亞親鳥不幸被火箭隊的捕獲裝置困住，為了守護小銀，牠放棄了反抗。最終，親鳥洛奇亞與小銀雙雙落入火箭隊的手中。小智、阿弘、小霞與小剛也在激戰後被俘虜，並被關押在基地內部。眼看洛奇亞親子即將面臨南波博士的殘酷實驗，失去了神奇寶貝球且身陷囹圄的小智一行人，正面臨前所未有的絕望困境。