雙葉慶典開幕與大木博士的失蹤
在神奧地區的雙葉鎮，曉光的家鄉正熱鬧地舉辦著一年一度的「雙葉慶典」。這場盛會的首場重頭戲是由知名的寶可夢權威——大木博士所帶來的寶可夢特別講座。然而，活動即將開始之際，大木博士卻因為接送車輛的輪胎爆裂，受困於前往鎮上的郊外沼澤地中。熱愛寶可夢的大木博士受沼澤生態吸引，獨自進入深處觀察，導致工作人員遍尋不著，慶典開幕陷入危機。
火箭隊的陰謀與沼澤的探險
潛伏在慶典中打工的火箭隊三人組發現大木博士缺席，武藏靈機一動，讓小次郎喬裝成大木博士，企圖藉由假博士的身份騙取鎮民手中的精靈球。與此同時，小智、曉光與小剛得知博士失蹤的消息，趕緊前往沼澤進行搜索。在充滿危險的底泥沼澤中，波加曼不慎陷入困境，幸好在小智的捲卷耳與小剛的不良蛙協助下化險為夷。尤其是小剛的不良蛙，發揮了對濕地環境的敏銳直覺，成功帶領眾人深入沼澤尋找博士。
心靈相通的進化與大木博士的智慧
眾人終於在沼澤深處找到了正與寶可夢愉快相處的大木博士。此時，當地的領袖蚊香蛙皇正為了族群中愁眉不展且性格憂鬱的蓮帽小童而憂心。大木博士憑藉著多年研究經驗，感受到蓮帽小童內心渴望進化的願望，於是大方拿出原本準備在講座中介紹的「水之石」。在眾人的見證下，蓮帽小童順利進化為充滿朝氣與節奏感的樂天河童，整個沼澤的寶可夢也隨之起舞。解決完寶可夢的問題後，大木博士在眾人的陪同下趕回會場。
真假大木博士的對決與班基拉斯的難題
慶典會場上，偽裝成大木博士的小次郎正準備大規模收集鎮民的精靈球，真正的博士剛好在最後關頭趕到現場。為了辨別真偽，會場出現了一位帶著班基拉斯的少年。面對情緒焦躁、甚至隨意發動攻擊的班基拉斯，假冒博士的小次郎嚇得當場出醜，而真正的博士則展現出過人的勇氣與專業，在無防備的狀態下安撫班基拉斯，並準確判斷出牠是因為腳底刺入異物而導致情緒暴躁。大木博士親手拔除芒刺後，班基拉斯恢復了平靜，也揭穿了火箭隊的真面目。最後，大木博士順利完成了精彩的講座，小智等人也從博士身上再次學習到與寶可夢心靈相通的重要性。