莉莉艾的突破與校園生活
在阿羅拉地區的寶可夢學校，莉莉艾自從找回了與銀伴戰獸（昔日名為屬性：空）的記憶後，終於徹底克服了無法觸摸寶可夢的心理障礙。她現在能開心地與小智的皮卡丘、鬃岩狼人、木木梟以及其他同伴的寶可夢親密接觸。課堂上，庫庫伊博士帶領學生們進行「寶可夢大跳繩」運動，旨在培養訓練家與寶可夢之間的默契。莉莉艾與她的冰六尾「白滾滾」展現了極佳的配合，讓大家深切感受到她的成長與蛻變。
扎奧博的陰謀與誘拐行動
與此同時，因四年前私自研發究極之洞並引發意外而遭到追緝的扎奧博，正躲在暗處策劃陰謀。為了挽回名譽並實現露莎米奈代表捕捉究極異獸的夢想，他決定綁架擁有開啟究極之洞能力的小星雲。扎奧博偽裝成普通路人潛入寶可夢學校，雖然期間一度遭到火箭隊的干擾，但他最終仍利用金平糖成功誘騙小星雲，並利用其瞬間移動能力將它強行帶往以太樂園中被封鎖的「紅色區域」。
前往以太樂園的營救行動
小智與莉莉艾發現小星雲失蹤後心急如焚，格拉吉歐此時也趕到學校，推斷出扎奧博的意圖。在管家詹姆斯的安排下，小智、莉莉艾與格拉吉歐透過秘密途徑火速趕往以太樂園。與此同時，扎奧博在紅色區域啟動了強大的能量增幅裝置，強迫小星雲釋放出大量的究極氣場，試圖強行打開究極之洞。
虛吾伊德現身與露莎米奈的犧牲
當小智一行人衝進實驗室時，究極之洞已開始劇烈擴張。在強大能量的壓迫下，小星雲的耗盡了力量，形體變成了像繭一樣且無法辨識的狀態（科斯莫姆）。此時，究極異獸「虛吾伊德」（代號：寄生者）從洞中現身。虛吾伊德展現出恐怖的實力，輕易擊潰了試圖立功的扎奧博。混亂中，虛吾伊德將目標鎖定在莉莉艾身上，就在危急時刻，露莎米奈為了保護心愛的女兒，奮不顧身地推開莉莉艾，自己卻被虛吾伊德緊緊纏繞並被拖入究極之洞中。隨著究極之洞閉合，露莎米奈消失在眾人眼前，留下莉莉艾在實驗室中悲慟吶喊。